重症疟疾贫血儿童血液期恶性疟原虫转录组分析

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE316842

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

疟疾是全球重大健康威胁，每年报告数百万病例和数十万死亡，主要发生在撒哈拉以南非洲。居住在恶性疟原虫全地方性传播地区的五岁以下儿童最易感染疟疾，占病例和死亡绝大多数。这些儿童重症疟疾的主要临床表现是重症疟疾贫血[SMA，血红蛋白(Hb)<6.0 g/dL]。SMA发病机制的分子基础，特别是恶性疟原虫基因活性在转录组水平对该疾病过程的贡献，在很大程度上仍未被探索。因此，本研究的总体目标是对SMA患儿血液期恶性疟原虫转录组进行分析。为实现这一目标，我们对60例儿童疟疾患者(3-36个月)入组时非SMA(Hb≥6.0 g/dL，n=40)和SMA(n=20)外周血样本总RNA进行了RNAseq。RNA读段比对到恶性疟原虫参考基因组(PfKE01)。识别了SMA相对于非SMA的差异表达基因(DEGs)及恶性疟原虫相关生物学通路。

此外，还评估了所表达的寄生虫基因在预测SMA方面的性能。这些发现有助于识别潜在的寄生虫来源生物标志物和治疗靶点，从而改善SMA的管理。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。