断奶期可育与低育肉牛母牛外周白细胞miRNA谱

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE225854

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数据说明

采用小RNA测序技术检测了断奶时采样的肉用母牛的miRNA表达谱，这些母牛随后根据繁殖方案被回顾性分类为可育或低育。为此，从杂交母牛（安格斯-西门塔尔）断奶时（出生后约238天）采集的血液样本（10 mL）中生成miRNA表达谱。从血液样本中提取外周白细胞（PWBC），并保存于-80°C直至进一步处理。在繁殖季节，所有母牛均遵循相同的繁殖方案、发情同步化和定时人工授精（AI）。定时人工授精后14天，未怀孕母牛与可育公牛接触60天。根据人工授精后75天是否存在孕体，母牛被分类为可育组（通过人工授精怀孕）、自然交配怀孕组（P-NB）或低育组（未怀孕）。本研究选取可育组（n = 7）和低育组（n = 7）母牛进行分析。

从14份样本的PWBC中提取总RNA，并进行小RNA文库制备和测序。经过质量控制、接头修剪和比对后，使用成熟miRNA进行差异表达分析。将读数转换为每百万计数（CPM），并过滤掉在50%样本中CPM < 1的原始计数。使用DESeq2 v 1.26.0对过滤后的原始计数进行分析，以鉴定差异表达miRNA（DEMIs）。以p值 < 0.05且绝对（log2倍数变化）> 0.5鉴定的DEMIs被认为具有显著性。以低生育力小母牛为参考组，我们在高生育力组和低生育力组之间鉴定了16个DEMIs。为了确定靶向DEMIs的基因，我们下载了每个DEMI的靶基因，并仅保留在PWBCs中表达的那些基因。对于miRNA-基因相关性，我们使用了偏c

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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