断奶期可育与亚可育肉牛母牛外周白细胞转录组谱

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE221903

标准获取流程：

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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
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数据说明

采用RNA-Seq对断奶时采样的肉用母牛进行基因表达谱检测，并回顾性将其分类为人工授精妊娠（AI-P，n = 8）或未妊娠（NP，n = 7）。简言之，本研究使用杂交母牛（安格斯-西门塔尔）。在断奶时（出生后约238天），从颈静脉采集血样（10 mL）至含EDTA的真空采血管中。血液经处理提取外周白细胞（PWBC），并于-80℃保存直至进一步处理。在配种季节，所有母牛均遵循相同的配种方案、发情同步及定时人工授精（AI）。定时AI后14天，未妊娠母牛与育龄公牛接触60天。根据AI后75天时是否存在孕体，母牛被分类为AI妊娠（AI-P）、自然配种妊娠（P-NB）或未妊娠（NP）。本研究纳入AI妊娠（N = 8）和未妊娠（N = 7）的母牛。从15份样本（AI-P和NP）的外周白细胞中提取总RNA并进行测序。

对RNA-Seq数据进行了质量控制，并使用STAR比对软件将其比对到Ensembl的ARS UCD1.2牛参考基因组。使用STAR比对软件进行读数定量，以获得每个基因的原始计数。低计数基因被过滤掉。过滤后，使用DESeq2 v 1.26.0分析读数计数，以识别差异表达基因（DEGs）。padj < 0.05且绝对（log2倍数变化）> 0.5的DEGs被认为具有显著性。NP小母牛被作为参考组，根据log2倍数变化方向对上调或下调的DEGs进行分类。我们在AI-P和NP组之间识别出92个DEGs。与DEGs相关的顶级通路是免疫系统、细胞因子产生和防御反应、造血细胞谱系、反应性的正向调节

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。