人工授精时外周白细胞转录组区分不同生育潜力的肉用母牛

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE103628

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

背景：不孕是畜牧生产中长期存在的限制因素，对养牛业具有重要的经济影响。雌性繁殖性状在本质上属于多基因遗传且遗传力较低，因此对生育力的选择具有挑战性。肉牛养殖场利用同期发情结合人工授精（AI）来配种青年母牛，并受益于早期且整齐的产犊季节。在AI后几周，青年母牛会接触公牛，以获得通过自然交配（NB）受孕的机会，但她们在此期间也可能不会受孕。本研究聚焦于第一个繁殖季节的肉用青年母牛，我们假设：a- 在AI时，外周血白细胞（PWBC）的转录组在经AI受孕的青年母牛与在繁殖季节后期经NB受孕或在繁殖季节内未受孕的青年母牛之间存在差异；b- PWBC中基因间转录本丰度的比例可将青年母牛按经AI受孕、经NB受孕或未受孕进行分类。

结果：我们从两个地点的23头小母牛（A：6头AI妊娠和5头NB妊娠；B：6头AI妊娠和6头未妊娠）生成了RNA测序数据。在过滤掉低表达基因后，我们对12，538个基因的转录本丰度进行了定量。比较AI妊娠与NB妊娠小母牛的基因表达水平，得到18个差异表达基因（DEGs）（ADAM20、ALDH5A1、ANG、BOLA-DQB、DMBT1、FCER1A、GSTM3、KIR3DL1、LOC107131247、LOC618633、LYZ、MNS1、P2RY12、PPP1R1B、SIGLEC14、TPPP、TTLL1、UGT8，eFDR≤0.02）。比较AI妊娠与未妊娠小母牛的基因表达水平，得到6个DEGs（ALAS2、CNKSR3、LOC522763、SAXO2、TAC3、TFF2，eFDR≤0.05）。我们计算了所有基因对之间的表达水平比值，并评估了其根据实验分组对样本进行分类的潜力。考虑所有样本，相对表达

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。