单个人类细胞中核纤层相互作用的基因组范围图谱（CEL-seq）

数据集获取

源站：https://omicsdi.org/dataset/biostudies-arrayexpress/E-GEOD-68596

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

哺乳动物间期染色体通过数百个大的核纤层相关结构域（LADs）与核纤层（NL）相互作用。我们报告了一种在单个人类细胞中全基因组范围内映射NL接触的方法。对约400个图谱的分析揭示了一个基因贫乏LADs的核心架构，这些LADs以高细胞间一致性接触NL，其间穿插着NL相互作用更为多变的LADs。与一致性接触相比，可变接触对基因组倍性的变化更为敏感。单细胞图谱表明，NL接触涉及跨越数百千碱基的多价相互作用。此外，我们观察到NL接触在染色体内的广泛协调，甚至跨越数十兆碱基。这些协调的位点显示出由Hi-C检测到的优先相互作用。最后，单细胞基因表达和染色质可及性分析显示，具有一致性NL接触的位点表达水平较低，并且比接触频率较低的位点更一致地不可及。这些结果突出了单细胞染色质组织的基本原理。在该数据集中，已存放了来自96个单KBM7细胞的单细胞mRNA测序结果

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。