TTPΔARE小鼠脾脏中Tristetraprolin调控的转录组

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE65357

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

Tristetraprolin（TTP）结合于特定转录本3’UTR中的AU富集元件，并通过增加mRNA降解速率来调控转录后基因表达。在本研究中，我们构建了一种新型TTP小鼠品系（TTPΔARE），其在TTP mRNA的3’UTR AU富集区域存在136个碱基的缺失，导致多种组织中TTP蛋白表达中度增加。本研究评估了中度TTP过表达对脾脏整体基因表达模式的影响，以探究该突变在正常条件下对TTP mRNA靶标的作用。我们利用过表达TTP的“TTPΔARE”小鼠（Zfp36 mRNA 3’UTR AU富集区域136个碱基缺失），并将其转录组变化与同窝“WT”小鼠进行比较。对四只WT小鼠和四只“TTPΔARE”小鼠的脾脏mRNA进行了mRNA-Seq。本研究使用的所有动物均为8-12周龄雄性小鼠，背景为C57BL/6。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。