人类ASXL1、FOXK1与O-GlcNAc的染色质图谱

数据集获取

源站：https://omicsdi.org/dataset/biostudies-arrayexpress/E-GEOD-51673

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

多梳组（PcG）蛋白是高等真核生物中基因沉默和表观遗传记忆的主要决定因素。这些因子以多聚蛋白复合体的形式发挥作用，控制染色质的结构与功能。我们采用稳健的亲和纯化质谱（AP-MS）方法，在单一人类细胞系中系统性地绘制了PcG蛋白相互作用组图谱。重要的是，我们揭示了人类PR-DUB去泛素化复合体的拓扑图谱，该复合体包含O-连接N-乙酰氨基葡萄糖转移酶OGT1以及若干转录因子。在此，我们基于ChIP-seq提供了已鉴定的PR-DUB1亚基ASXL1、FOXK1以及OGT1催化的修饰O-GlcNAc的全基因组染色质图谱。我们的数据集包含3个ChIP-seq样本和2个输入对照样本，使用的是Flp-In HEK293 T-REx细胞的染色质，这些染色质通过针对ASXL1、FOXK1和O-GlcNAc的抗体进行了免疫沉淀。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。