仔猪血液组分的3' mRNA测序

数据集获取

源站：https://omicsdi.org/dataset/biostudies-arrayexpress/E-MTAB-16252

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

本研究描述了从仔猪全血中采集的不同血液组分转录组。该数据集包含来自20个样本的RNA-seq数据，代表五种血液组分：全血、血清、血浆、血清来源外泌体和血浆来源外泌体。从每个全血样本中，使用优化的组分特异性方案仔细制备不同组分。RNA-seq文库使用LEXOGEN QuantSeq 3′ mRNA-Seq V2 Library Prep Kit制备，并针对全血、血浆、血清和外泌体样本进行了方案调整。测序在Illumina NextSeq2000平台上以SR75进行。20个原始解复用FASTQ文件属于该登录号的一部分。使用Nextflow nf-core/rnaseq流程进行生物信息学预处理，以确保高序列质量和稳健的转录组组装与定量。每个文件包含原始测序读段以及碱基质量分数。生物信息学和统计分析探讨了根据五种血液组分在基因检测和基因表达变异性方面的差异。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。