FFPE组织活检中淀粉样变性致病蛋白质谱鉴定数据集
该数据集作为国际临床质谱病理金标准研究的开放资源发布于ProteomeXchange（由MassIVE托管），它提供了在福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）样本中精准分离、提纯并鉴定淀粉样变性亚型和致病蛋白的分析记录，适用于蛋白质组学挖掘。
基本信息
资源简介
FFPE组织活检中淀粉样变性致病蛋白质谱鉴定数据集
【一句话概览】
淀粉样变性由细胞外蛋白纤维沉积引起，导致健康组织移位和损伤，可致器官损害、功能障碍和死亡，因此诊断、分型和治疗至关重要。确诊后需确定致病蛋白，已知约30种。现有方法不足，促使开发基于质谱的临床适用方法，用于FFPE组织活检中鉴定致病蛋白。该方法结合激光显微切割富集淀粉样沉积物与液相色谱质谱的灵敏度和特异性。其变体已被多个实验室采用，被视为诊断和分类淀粉样变性的国际金标准。本文旨在概述临床检测开发、验证和实施的通用考量，重点关注分子和临床病理实践中的质谱蛋白质组学检测（来源 ProteomeXchange）。
【数据集背景】
本数据集源站标题为《Validation of a mass spectrometry-based proteomics molecular pathology assay》。
【数据内容】
源站原始描述：Amyloidosis is characterized by the deposition of protein fibrils in extra-cellular regions, resulting in the displacement and damage of healthy tissue. These diseases lead to organ damage, dysfunction, and death which is why diagnosis, characterization, and management of the disease are critical. Following a diagnosis of amyloidosis, determination of the causative protein is the next and vital step to proper treatment, as the subtypes differ in pathogenesis and clinical management. There are ap…
中文译文（机器翻译，仅供快速理解，请以原文为准）：淀粉样变性以蛋白质纤维在细胞外区域沉积为特征，导致健康组织被取代和损伤。这些疾病会导致器官损害、功能障碍和死亡，因此对该病的诊断、特征描述和管理至关重要。在诊断为淀粉样变性后，确定致病蛋白是进行正确治疗的下一个关键步骤，因为不同亚型在发病机制和临床管理上存在差异。已知的致病蛋白约有30种。现有方法存在不足，这促使人们开发一种临床上适用的、基于质谱的方法，用于鉴定FFPE组织活检中的淀粉样变性致病蛋白。该方法将激光显微切割富集淀粉样沉积物的能力与液相色谱质谱（LCMS）的灵敏度和特异性相结合。该原始检测方法的多种变体已被多家参考实验室、专科疾病中心和学术中心采用，并被视为淀粉样变性诊断和分类的国际金标准。本文旨在概述临床检测开发、验证和实施的一般考虑因素，重点关注分子和临床病理实践中的基于质谱的蛋白质组学检测。
【数据结构与技术规格】
文件数 2 个。
【主题与分类】
主题标签：amyloidosis、FFPE、Homo sapiens、human、9606。
【适用方向】
结构化表格数据可直接用于统计建模、特征工程与队列分析。
【获取与许可】
源站页面：https://proteomecentral.proteomexchange.org/dataset/PXD062691
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://proteomecentral.proteomexchange.org/cgi/GetDataset?ID=PXD062691
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
该数据集包含通过激光微解剖结合液相色谱质谱（LCMS）技术，对FFPE组织活检中多达30种已知的淀粉样变性致病蛋白进行鉴定的原始质谱分析数据。
数据加载示例（表格/文本类）
import pandas as pd, glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.csv"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tsv"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.xlsx"), recursive=True))
print("数据文件:", files)
df = pd.read_csv(files[0])
print(df.shape); print(df.columns.tolist()); print(df.head(3))
数据缺失？
依托陕西、四川两大基地，我们与超过十家三甲医院建立直接合作关系，覆盖合规授权、采集治理、专业标注、数据交付的全流程，为AI医疗团队提供即拿即用的高质量临床数据。
⚡️ 需要数据支持或标注服务？立即联系我们获取专业方案。
