基于MALDI质谱成像的淀粉样变性鉴定与分型数据集
该数据集存储于PRIDE平台，包含了针对97例心肌组织活检样本（66例淀粉样变性与31例对照）开展的基质辅助激光解吸电离质谱成像（MALDI-IMS）数据。研究旨在利用特定肽段过滤算法，建立无需繁琐处理的淀粉样变性快速分型模型。
基本信息
资源简介
基于MALDI质谱成像的淀粉样变性鉴定与分型数据集
【一句话概览】
淀粉样变性由细胞外纤维状多肽聚集引起，目前诊断依赖刚果红染色结合偏振光显微镜，后续免疫组化鉴定致病蛋白在敏感性和特异性上存在困难。本研究采用基质辅助激光解吸/电离质谱成像结合离子迁移分离，检测福尔马林固定石蜡包埋组织中的淀粉样沉积物，设计肽段过滤方法，无需串联质谱即可鉴定淀粉样相关蛋白的胰蛋白酶肽段，发现不依赖淀粉样类型和组织解剖位置的通用肽段特征。在包含66例淀粉样变和31例非淀粉样变心脏活检的验证队列中，诊断具有高敏感性和特异性，并揭示AL-lambda与ATTR淀粉样变的肽段组成差异，构建了可靠分类模型（来源 ProteomeXchange）。
【数据集背景】
本数据集源站标题为《Matrix-Assisted Laser Desorption Ionization Mass Spectrometry Imaging: a novel Tool for the Identification and Classification of Amyloidosis》。
【数据内容】
源站原始描述：Amyloidosis is a group of diseases caused by extracellular accumulation of fibrillar polypeptide aggregates. So far, diagnosis is performed by Congo red staining of tissue sections in combination with polarization microscopy. Subsequent identification of the causative protein by immunohistochemistry harbors some difficulties regarding sensitivity and specificity. Mass spectrometry-based approaches have been demonstrated to constitute a reliable method to supplement typing of amyloidosis, but sti…
中文译文（机器翻译，仅供快速理解，请以原文为准）：淀粉样变性是一组由纤维状多肽聚集体在细胞外积聚所引起的疾病。迄今为止，诊断依赖于组织切片的刚果红染色结合偏振显微镜检查。随后通过免疫组织化学鉴定致病蛋白在敏感性和特异性方面存在一定困难。基于质谱的方法已被证明是补充淀粉样变性分型的可靠方法，但仍依赖于刚果红染色。在本研究中，基质辅助激光解吸/电离质谱成像结合离子迁移分离（MALDI-IMS MSI）被用于研究福尔马林固定和石蜡包埋组织样本中的淀粉样沉积物。我们设计了一种肽段过滤方法，无需额外的串联质谱即可鉴定源自淀粉样蛋白生成性和淀粉样蛋白相关蛋白的胰蛋白酶肽。利用该过滤器，我们发现了独立于淀粉样蛋白类型和组织解剖定位的淀粉样变性通用肽段特征。在一个包含66例淀粉样变性和31例非淀粉样变性病例的心脏活检验证队列中进行检验，淀粉样变性被以高灵敏度和特异性诊断出来。此外，AL-λ和ATTR淀粉样蛋白的肽段组成差异被揭示，并用于构建可靠的分类模型。将肽段过滤器整合到MALDI-IMS MSI分析中，我们开发了一种生物信息学工作流程，在更少时间和样本消耗的实验设置下促进淀粉样变性的鉴定和分类。我们的发现还证明了研究淀粉样蛋白组成的可行性，从而为建立多种类型淀粉样变性的分类模型铺平了道路，并进一步揭示淀粉样蛋白生成的复杂过程。
【主题与分类】
主题标签：amyloidosis、MALDI MS imaging、ion mobility separation、formalin-fixed and paraffin-embedded、Homo sapiens、MALDI Synapt G2-S MS、Technical、Biomedical。
【适用方向】
结构化表格数据可直接用于统计建模、特征工程与队列分析。
【获取与许可】
源站页面：https://proteomecentral.proteomexchange.org/cgi/GetDataset?ID=PXD005960
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://proteomecentral.proteomexchange.org/cgi/GetDataset?ID=PXD005960
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
该质谱数据集专注于研发在无需额外串联质谱的情况下鉴别淀粉样变性的生物信息学工作流，包含66例淀粉样变性和31例非淀粉样变性的心肌活检样本。
数据加载示例（表格/文本类）
import pandas as pd, glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.csv"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tsv"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.xlsx"), recursive=True))
print("数据文件:", files)
df = pd.read_csv(files[0])
print(df.shape); print(df.columns.tolist()); print(df.head(3))
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