STAMP:通过成像的单细胞转录组分析与多模态分析

数据涉及单细胞转录组分析与成像多模态分析,可用于急性髓系白血病相关研究(来源 NCBI)。源站首次发布:Feb 25 202

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基因组OtherGPL312179606
GSE290468: STAMP: Single-Cell Transcriptomics Analysis and Multimodal Profiling through Imaging

基本信息

模态
基因组
创建/更新时间
2026-10-19

资源简介

STAMP:通过成像的单细胞转录组分析与多模态分析

GSE290468 是一个以 STAMP(Single-Cell Transcriptomics Analysis and Multimodal Profiling through Imaging)为主题的数据集,源站标题为“STAMP: Single-Cell Transcriptomics Analysis and Multimodal Profiling through Imaging”。该数据集由 NCBI(ncbi.nlm.nih.gov)发布,作者为 Jasmine、Plummer,首次发布时间为 Feb 25 202。数据涉及单细胞转录组分析与成像多模态分析,可用于急性髓系白血病相关研究。本站将其归类于血液与淋巴系统疾病 / 急性髓系白血病方向。数据集当前包含 1 个文件,样例文件为 GSE290468_series_matrix.txt.gz,主题标签包括 Other、GPL31217 和 9606。整体而言,该数据集面向单细胞层面的转录组与成像多模态联合分析场景,为急性髓系白血病研究提供可下载的数据资源。

【数据集背景】

该数据集来源于 NCBI,英文名称为 GSE290468: STAMP: Single-Cell Transcriptomics Analysis and Multimodal Profiling through Imaging,源站标题与英文名称一致。从名称可以看出,STAMP 指代“通过成像开展单细胞转录组分析与多模态分析”这一技术方向。数据集被本站归入血液与淋巴系统疾病下的急性髓系白血病分类,说明其应用背景与血液系统恶性疾病研究相关。源站描述指出,该 SuperSeries 由下方列出的 SubSeries 组成,表明其在组织结构上属于一个汇总型系列,可能包含若干子系列。作者信息为 Jasmine、Plummer,首次发布时间为 Feb 25 202。

【数据内容】

数据集当前包含 1 个文件,样例文件名为 GSE290468_series_matrix.txt.gz,从文件名看属于系列矩阵文件,并以 GZIP 压缩形式提供。主题标签包括 Other、GPL31217 和 9606,其中 9606 通常对应人类物种标识,GPL31217 为平台标识。源站描述仅说明该 SuperSeries 由所列 SubSeries 组成,未进一步展开各子系列的具体内容。关于矩阵文件中包含的样本数量、基因或特征数量、分组设计、成像模态的具体类型与读出指标等细节,源站未提供。

【采集与来源】

数据来源站为 ncbi.nlm.nih.gov,属于公开的生物学数据资源站点。数据集作者为 Jasmine、Plummer,首次发布时间为 Feb 25 202。源站描述表明该 SuperSeries 由下方列出的 SubSeries 组成,但各 SubSeries 的编号、样本采集方式、实验平台细节及成像采集参数等信息,源站未提供。主题标签中的 GPL31217 指向特定平台,但该平台的具体名称与规格,源站未提供。

【适用场景】

结合数据集主题与本站分类,该数据可用于急性髓系白血病相关的单细胞转录组分析,以及转录组与成像信息相结合的多模态分析研究。STAMP 所代表的“单细胞转录组分析 + 成像多模态分析”思路,适合需要在单细胞分辨率下联合考察分子表达信息与空间或形态学信息的研究场景。由于源站将其组织为 SuperSeries,该数据也可能用于汇总或关联多个子系列的分析工作。关于具体可支持的疾病分型、标志物筛选或临床转化应用,源站未提供。

【使用方法】

使用时可下载数据文件 GSE290468_series_matrix.txt.gz,并按文件格式以 GZIP 压缩包方式读取。建议先在小样本上核对字段与编码,确认无误后再批量接入,以避免因字段含义或编码差异导致解析错误。由于当前仅有 1 个文件,接入流程相对简单,但仍应遵循先验证后批量的原则。关于矩阵文件的具体列含义、注释信息及配套分析流程,源站未提供。

【质量与限制】

该数据集当前仅包含 1 个文件,且源站描述较为简略,仅说明 SuperSeries 由所列 SubSeries 组成,未提供样本量、数据完整性、质控指标或批次信息等质量相关细节。主题标签中的平台标识与物种标识可供参考,但平台规格与物种确认依据,源站未提供。使用者在开展分析前,应自行核对文件字段与编码,并结合研究目的评估数据适用性。关于数据可能存在的技术偏差、缺失情况或版本更新记录,源站未提供。

【引用与许可】

数据集作者为 Jasmine、Plummer,来源站为 ncbi.nlm.nih.gov,首次发布时间为 Feb 25 202。使用该数据时,建议按照来源站要求进行引用与致谢。关于该数据集的具体许可条款、使用限制及推荐引用格式,源站未提供。

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使用方式

数据集获取

源站:https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE290468

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

该SuperSeries由下列SubSeries组成。PhenoCycler(蛋白质)数据可在https://stjude.app.box.com/s/fg5e5r43heipjh6lchu6m0d612ojwtw1获取。以下是.tar文件中的内容:载玻片上有3个STAMP:i),ii){MCF-7},以及iii){SK-BR-3}。您可以参考stamp12b_MCF7_new.tsv和stamp12b_SKBR3.tsv来区分每个STAMP——载玻片上剩余的STAMP将是{PBMC, MCF-7, SK-BR-3}。

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