WEHI-AML-1 与 WEHI-AML-2 转录组测序样本数据集

该数据集来源于 omicsdi.org,属于血液与淋巴系统疾病中的急性髓系白血病方向,主题标签为 Genomics。这批数据可用于急性髓系白血病相关的转录组分析,例如基因表达特征研究、样本间表达模式比较,以及围绕 WEHI-AML-1 与 WEHI-AML-2 的分子分型等分析任务(来源 omics

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时间序列分类Genomics
ena-DATASET-WEHI-17-08-2017-10:25:39:052-406 - samples

基本信息

模态
时间序列
任务类型
分类
创建/更新时间
2026-10-08

资源简介

WEHI-AML-1 与 WEHI-AML-2 转录组测序样本数据集

该数据集英文名为 ena-DATASET-WEHI-17-08-2017-10:25:39:052-406 - samples,来源于 omicsdi.org,在分类上归属于血液与淋巴系统疾病中的急性髓系白血病方向,主题标签为 Genomics。根据源站描述,该数据集涉及 WEHI-AML-1 与 WEHI-AML-2 的转录组测序,RNA 文库使用 Illumina TruSeq RNA Sample Preparation Kit v2 构建,并在 Illumina HiSeq2500 平台上完成测序。整体来看,这是一批面向急性髓系白血病研究的转录组测序样本数据,可用于围绕基因表达特征、样本间表达模式比较以及分子分型等方向开展分析。

【数据集背景】

急性髓系白血病是一类起源于髓系造血干祖细胞的恶性血液肿瘤,其分子机制复杂,常涉及多种基因表达异常和信号通路改变。围绕该疾病开展转录组水平的研究,有助于从全局角度观察基因表达变化,识别与疾病发生、发展或亚型差异相关的表达特征。该数据集正是在这一研究背景下产生,聚焦于 WEHI-AML-1 与 WEHI-AML-2 两个样本对象的转录组测序,主题标签为 Genomics,所属分类为血液与淋巴系统疾病 / 急性髓系白血病。数据集来源于 omicsdi.org,属于该来源站收录的转录组测序样本数据之一。

【数据内容】

该数据集的核心内容是 WEHI-AML-1 与 WEHI-AML-2 的转录组测序数据。源站描述明确指出,这是针对这两个对象开展的 Transcriptome sequencing,即转录组测序。RNA 文库的构建采用 Illumina TruSeq RNA Sample Preparation Kit v2,测序在 Illumina HiSeq2500 平台上进行。数据集名称中包含“samples”字样,表明其以样本为组织单位呈现。除上述信息外,关于样本数量、测序深度、读长、原始数据量、基因表达矩阵、差异表达结果等具体内容,源站未提供。

【采集与来源】

该数据集的来源站为 omicsdi.org。根据源站描述,其采集与产生过程包括两个关键环节:一是 RNA 文库构建,使用 Illumina TruSeq RNA Sample Preparation Kit v2 完成;二是测序,在 Illumina HiSeq2500 平台上进行。测序对象为 WEHI-AML-1 和 WEHI-AML-2。除这些信息外,关于样本采集时间、组织来源、伦理审批、实验地点、操作人员等细节,源站未提供。

【适用场景】

结合其疾病分类与主题标签,该数据集可用于急性髓系白血病相关的转录组分析。具体而言,可用于基因表达特征研究,观察 WEHI-AML-1 与 WEHI-AML-2 在转录组层面的表达情况;可用于样本间表达模式比较,分析两个对象之间的表达差异;也可用于围绕 WEHI-AML-1 与 WEHI-AML-2 的分子分型等分析任务。由于主题标签为 Genomics,该数据集适合纳入基因组学相关的分析流程。除上述方向外,其他具体应用场景源站未提供。

【使用方法】

该数据集以样本形式组织,名称为 ena-DATASET-WEHI-17-08-2017-10:25:39:052-406 - samples。使用时可从 omicsdi.org 获取该数据集,并依据转录组测序数据的常规分析流程进行处理,例如序列比对、表达定量、表达模式比较等。由于源站描述仅说明文库构建试剂盒与测序平台,未提供具体的下载地址、文件格式、参考基因组版本、分析参数或配套脚本,因此这些方面的使用方法源站未提供。

【质量与限制】

该数据集基于 Illumina TruSeq RNA Sample Preparation Kit v2 构建文库,并在 Illumina HiSeq2500 平台测序,具备明确的实验平台信息。但其质量相关指标,如测序质量值、比对率、重复率、污染情况等,源站未提供。其限制还包括:仅涉及 WEHI-AML-1 与 WEHI-AML-2 两个对象,样本规模有限;关于样本的生物学背景、疾病状态、分组信息等,源站未提供;关于数据是否经过标准化处理或质控过滤,源站未提供。因此,在使用该数据集时,应结合可获取的原始信息谨慎解释分析结果。

【引用与许可】

该数据集来源于 omicsdi.org,英文名为 ena-DATASET-WEHI-17-08-2017-10:25:39:052-406 - samples。关于该数据集的引用方式、许可协议、使用条款、版权归属以及是否允许再分发等信息,源站未提供。如需引用或使用,建议访问 omicsdi.org 上对应的数据集页面,以获取最新的引用与许可说明。

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数据集获取

源站:https://omicsdi.org/dataset/ega/EGAD00001003569

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

对WEHI-AML-1和WEHI-AML-2进行转录组测序。使用Illumina TruSeq RNA样本制备试剂盒v2生成RNA文库,并在Illumina HiSeq2500平台上进行测序。

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