年龄相关性黄斑变性表观遗传特征在光敏小鼠模型中的重现

该数据集包含通过ATAC-Seq技术获取的光敏小鼠模型视网膜染色质可及性谱数据,属于表观遗传学模态,揭示了光损伤诱导的染色质可及性降低、常染色质减少和异染色质增加等变化;主要应用于年龄相关性黄斑变性的发病机制研究、关键组蛋白修饰酶的识别以及潜在治疗策略(如HDAC11和SUV39H2抑制剂)的探索。

University of California IrvineUniversity of California Irvine
干细胞与再生医学数据中心
2022-02-20 更新
浏览 8
表观遗传学年龄相关性黄斑变性

基本信息

创建/更新时间
2022-02-20

资源简介

该数据集是一个关于年龄相关性黄斑变性(AMD)的表观遗传学研究数据集,聚焦于光损伤诱导的小鼠模型。数据集包含通过ATAC-Seq(转座酶可及染色质测序)技术获得的全局染色质可及性谱数据,揭示了光损伤导致的染色质可及性降低、常染色质减少和异染色质增加等表观遗传变化。数据来源于光敏小鼠模型的视网膜组织,旨在模拟人类AMD的病理过程。研究通过分析染色质可及性与光感受器细胞死亡之间的关联,识别了关键组蛋白修饰酶(如HDAC11和SUV39H2)的作用,并验证了其抑制剂在缓解光损伤中的潜在治疗价值。该数据集主要用于AMD的发病机制研究、表观遗传调控探索以及药物靶点发现。

原始链接

http://data.iscr.ac.cn/Article?id=7606d2b2592239c3a7bb86f97e992602

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数据说明

该数据集是一个关于年龄相关性黄斑变性(AMD)的表观遗传学研究数据集,聚焦于光损伤诱导的小鼠模型。数据集包含通过ATAC-Seq(转座酶可及染色质测序)技术获得的全局染色质可及性谱数据,揭示了光损伤导致的染色质可及性降低、常染色质减少和异染色质增加等表观遗传变化。数据来源于光敏小鼠模型的视网膜组织,旨在模拟人类AMD的病理过程。研究通过分析染色质可及性与光感受器细胞死亡之间的关联,识别了关键组蛋白修饰酶(如HDAC11和SUV39H2)的作用,并验证了其抑制剂在缓解光损伤中的潜在治疗价值。该数据集主要用于AMD的发病机制研究、表观遗传调控探索以及药物靶点发现。

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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