视杆细胞源性视锥细胞存活因子

视网膜色素变性是一类以视网膜感光细胞进行性受损为特征的致盲性眼病。此类疾病常累及视杆细胞和视锥细胞,而视锥细胞的存活与功能维持对中心视力尤为重要

pride
2016-06-15 更新
浏览 16
蛋白质RdcvfGlucoseBsg1Glut1
PXD001384: Rod-derived Cone Viability Factor

基本信息

模态
蛋白质
创建/更新时间
2016-06-15

资源简介

视杆细胞源性视锥细胞存活因子

该数据集标识为 PXD001384: Rod-derived Cone Viability Factor,来源站为 ebi.ac.uk,归类于眼病/视网膜色素变性方向,来源站点描述指出 Rod-derived Cone Viability Factor 通过 BSG1/GLUT1 刺激需氧糖酵解。

【数据集背景】

视网膜色素变性是一类以视网膜感光细胞进行性受损为特征的致盲性眼病。此类疾病常累及视杆细胞和视锥细胞,而视锥细胞的存活与功能维持对中心视力尤为重要。Rod-derived Cone Viability Factor,即视杆细胞来源的视锥细胞存活因子,通常被放在感光细胞保护与视网膜代谢的研究语境中讨论。来源站点描述进一步指出,该因子通过 BSG1/GLUT1 刺激需氧糖酵解,这使该数据集与葡萄糖代谢、糖酵解通路以及 BSG1/GLUT1 之间的关系成为关注点。该数据集被归类在眼病/视网膜色素变性方向,说明其服务的研究语境与视网膜变性、感光细胞保护或代谢机制相关。至于具体研究假设、实验设计、疾病模型细节,源站未提供。

【数据内容】

从来源站点描述看,核心内容围绕 RdCVF、需氧糖酵解以及 BSG1/GLUT1 展开。主题标签包括 Rdcvf、Glucose、Bsg1、Glut1。物种信息标注为 Gallus gallus(鸡),对应 NEWT:9031。另有一个以 MS 为词表前缀、编号以 MS:100069 开头的受控词条。除这些主题和物种信息外,样本数量、分组方式、检测平台、原始文件、定量结果、差异分析、代谢物或蛋白列表等具体内容,源站未提供。

【采集与来源】

该数据集来源站为 ebi.ac.uk。标识中的 PXD001384 可作为该数据集的访问标识。数据由 EBI 相关资源发布和维护。关于样本采集地点、时间、伦理审批、实验操作流程、仪器型号、试剂来源、数据生成批次等,源站未提供。

【适用场景】

基于现有信息,该数据集适用于与眼病/视网膜色素变性相关的研究语境,尤其是围绕 RdCVF、葡萄糖代谢、需氧糖酵解以及 BSG1/GLUT1 的探索。也可作为视网膜感光细胞代谢与存活机制研究中的参考数据。由于具体数据内容、实验条件和分析结果未在当前来源中展开,是否适合某类特定分析,例如差异表达、通路富集、网络分析或跨物种比较,需依据源站实际数据判断;源站未提供适用性的详细说明。

【使用方法】

来源站为 ebi.ac.uk,使用者可通过该来源站检索标识 PXD001384 或名称 Rod-derived Cone Viability Factor 获取数据集。关于下载方式、文件格式、访问权限、是否需要注册、是否支持 API、分析流程和推荐工具,源站未提供。

【质量与限制】

目前可确认的信息有限,主要包含分类、来源、描述和主题标签。数据质量评价、缺失值情况、重复性、样本量、统计功效、技术偏差、注释完整性、版本更新记录等,源站未提供。因此使用前应回到来源站核对原始记录和元数据。

【引用与许可】

该数据集的引用方式、许可协议、使用限制、商业使用条件、二次分发要求等,源站未提供。

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使用方式

数据集获取

源站:https://ebi.ac.uk/pride/archive/projects/PXD001384

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

视杆细胞衍生视锥细胞活力因子通过BSG1/GLUT1刺激有氧糖酵解

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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