酿酒酵母尼曼-匹克C型蛋白NCR1在pH 7.5条件下的Peptidisc结构数据集

该数据集包含酿酒酵母尼曼-匹克C型蛋白NCR1在pH 7.5条件下通过电子显微镜解析的原子级结构数据,数据模态包括蛋白质三维坐标、电子密度图和配体分子信息,主要用于研究尼曼-匹克疾病的分子机制、分析固醇转运过程中的蛋白构象变化,并为相关药物靶点发现提供结构生物学基础。

Protein Data Bank Japan
2024-11-13 更新
浏览 19
MEMBRANE PROTEIN
S. cerevisiae Niemann-Pick type C protein NCR1 in Peptidisc at pH 7.5

基本信息

创建/更新时间
2024-11-13

资源简介

酿酒酵母尼曼-匹克C型蛋白NCR1在pH 7.5条件下的Peptidisc结构数据集

【数据集背景】

本数据集源站标题为《S. cerevisia Niemann-Pick type C protein NCR1 in Peptidisc at pH 7.5》。

【数据内容】

源站原始描述:sterol transport, vacuole, lysosome, LIPID TRANSPORT, membrane protein

【数据结构与技术规格】

数据集 DOI:10.1073/pnas.2315575121。

【主题与分类】

主题标签:MEMBRANE PROTEIN。

【获取与许可】

源站页面:https://www.rcsb.org/structure/8QEE

规范引用:Conformational changes in the Niemann-Pick type C1 protein NCR1 drive sterol translocation. (2024) Proc.Natl.Acad.Sci.USA

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源站:https://pdbj.org/mine/summary/8qee

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    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

该数据集提供了酿酒酵母中尼曼-匹克C型蛋白NCR1在pH 7.5条件下、使用Peptidisc膜模拟系统解析的高分辨率结构数据。数据集包含蛋白质的三维原子坐标、电子密度图以及相关的配体信息,如2-乙酰氨基-2-脱氧-β-D-吡喃葡萄糖、胆固醇半琥珀酸酯等。数据通过电子显微镜技术以2.43埃的分辨率获得,由Frain、Dedic等研究人员于2023年提交至蛋白质数据库。该数据集主要用于研究尼曼-匹克C型疾病的分子机制,特别是NCR1蛋白在固醇转运过程中的构象变化,为理解疾病病理和开发靶向疗法提供结构基础。

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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