S. cerevisia 尼曼-匹克C型蛋白NCR1在pH 5.5 GDN中的结构数据集

该数据集提供了酿酒酵母尼曼-匹克C型蛋白NCR1在特定pH和去污剂环境下的三维结构数据,数据模态为通过电子显微镜解析的蛋白质结构模型及相关的化学配体信息,主要用于研究膜蛋白NCR1在固醇转运过程中的构象变化机制,以深入理解尼曼-匹克C型疾病的分子病理学基础,并为相关治疗策略的开发提供结构生物学依据。

Protein Data Bank Japan
2024-10-23 更新
浏览 19
MEMBRANE PROTEIN
S. cerevisia Niemann-Pick type C protein NCR1 in GDN at pH 5.5

基本信息

创建/更新时间
2024-10-23

资源简介

S. cerevisia 尼曼-匹克C型蛋白NCR1在pH 5.5 GDN中的结构数据集

【数据集背景】

本数据集源站标题为《S. cerevisia Niemann-Pick type C protein NCR1 in GDN at pH 5.5》。

【数据内容】

源站原始描述:sterol transport, vacuole, lysosome, LIPID TRANSPORT, membrane protein

【数据结构与技术规格】

数据集 DOI:10.1073/pnas.2315575121。

【主题与分类】

主题标签:MEMBRANE PROTEIN。

【获取与许可】

源站页面:https://www.rcsb.org/structure/8QEC

规范引用:Conformational changes in the Niemann-Pick type C1 protein NCR1 drive sterol translocation. (2024) Proc.Natl.Acad.Sci.USA

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源站:https://pdbj.org/mine/summary/8qec

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    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

该数据集是酿酒酵母(S. cerevisia)尼曼-匹克C型蛋白NCR1在糖基去污剂(GDN)中、pH 5.5条件下的结构数据。数据集包含了通过电子显微镜技术解析的NCR1蛋白三维结构(分辨率为3.3 Å),以及相关的化学描述符信息,如2-乙酰氨基-2-脱氧-β-D-吡喃葡萄糖-(1-4)-2-乙酰氨基-2-脱氧-β-D-吡喃葡萄糖、胆固醇半琥珀酸酯等配体分子。数据来源于Protein Data Bank Japan(PDBj),由Frain, K.M.等研究人员于2023年8月31日提交,并于2024年10月23日最后更新。该数据集主要用于研究NCR1蛋白在固醇转运过程中的构象变化机制,对理解尼曼-匹克C型疾病的病理机制及药物靶点开发具有重要意义。

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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