PRJNA1311507：发育中大鼠角膜缘眼组织的单细胞转录组
该数据集为大鼠发育中角膜缘眼组织的单细胞RNA测序原始序列数据，覆盖P7、P14、P28三个时间点。数据可用于识别构成小梁网和Schlemm管的房水流出通路细胞群体，分析儿童期青光眼孟德尔遗传型及复杂晚发型青光眼相关基因表达，并已揭示395个选择性表达基因，为理解房水流出通路早期发育、发现新疾病相关
基本信息
资源简介
PRJNA1311507：发育中大鼠角膜缘眼组织的单细胞转录组
PRJNA1311507 数据集为大鼠发育中角膜缘眼组织的单细胞转录组测序数据，聚焦于房水流出通路（AHOP）的早期发育过程。该研究对出生后第7天（P7）、第14天（P14）和第28天（P28）三个时间点的大鼠角膜缘细胞进行单细胞RNA测序，通过已知标记物的细胞类型特异性表达，识别出构成小梁网和Schlemm管的关键房水流出通路细胞群体。在此基础上，研究者得以在这些发育中的细胞类型中考察与孟德尔型儿童期青光眼及复杂晚发型青光眼相关的基因表达，并揭示了395个选择性表达基因。该数据集为理解房水流出通路的早期发育、发现新的疾病相关基因以及揭示青光眼预防和治疗的分子靶点提供了基础性资源，在站内归类于眼及附器疾病/青光眼方向。
【数据集背景】
房水流出通路是维持眼内压稳定的关键结构，其发育异常与先天性青光眼的发生密切相关。然而，针对该通路在发育过程中细胞组成与基因表达特征的系统性研究长期缺乏。该数据集所对应的研究首次呈现了大鼠发育中房水流出通路的单细胞RNA测序数据，旨在填补这一空白，为理解先天性青光眼主要受累组织的形成机制提供分子层面的基础信息。
【数据内容】
数据主题标签为原始序列读段（Raw sequence reads），即单细胞RNA测序产生的原始序列数据。样本来自发育中大鼠眼的角膜缘组织，覆盖P7、P14、P28三个出生后时间点。研究通过细胞类型特异性标记物表达鉴定出构成小梁网和Schlemm管的关键房水流出通路细胞群体，并在此基础上分析了与孟德尔型儿童期青光眼及复杂晚发型青光眼相关的基因表达，共揭示395个选择性表达基因。
【采集与来源】
数据来源于ncbi.nlm.nih.gov。生物样本为大鼠发育中的角膜缘眼组织，采集时间点分别为P7、P14和P28。测序策略为单细胞RNA测序，产出数据类型为原始序列读段。其余关于测序平台、建库方法、样本数量及具体实验流程的信息，源站未提供。
【适用场景】
该数据集适用于房水流出通路早期发育研究，可用于识别和刻画小梁网与Schlemm管相关细胞群体；适用于青光眼遗传学研究，支持在发育细胞类型背景下考察孟德尔型儿童期青光眼及复杂晚发型青光眼相关基因的表达；也可作为发现新的青光眼疾病相关基因、筛选青光眼预防与治疗分子靶点的基础资源。此外，395个选择性表达基因可作为后续验证与功能研究的候选对象。
【使用方法】
使用时可基于原始序列读段开展单细胞转录组的标准分析流程，包括序列比对、表达定量、细胞聚类与注释，并借助已知标记物识别房水流出通路相关细胞类型。在此基础上，可按发育时间点比较细胞组成与基因表达变化，并将表达谱与已知青光眼相关基因进行对应分析。具体分析参数与流程需结合数据自身特点确定；源站未提供配套的分析代码或处理说明。
【质量与限制】
该数据集为原始序列读段，使用前需完成相应的预处理与质量控制。数据仅涵盖P7、P14、P28三个时间点的大鼠角膜缘组织，物种与时间点范围有限。关于样本量、测序深度、细胞数量及质控指标等信息，源站未提供。研究结论中的395个选择性表达基因基于该数据集的分析得出，其在外推至其他物种、其他发育阶段或人类青光眼时的适用性需进一步验证。
【引用与许可】
源站未提供引用方式与许可信息。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1311507
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
本研究首次呈现了眼内发育中房水外流通道(AHOP)的单细胞RNA测序数据集，并深入探讨了对先天性青光眼中主要受累组织形成具有重要作用的基因。通过分析P7、P14和P28时期发育中大鼠眼的角膜缘细胞，利用已知标记物的细胞类型特异性表达，识别了构成小梁网和Schlemm管的关键AHOP细胞群体。这促进了对这些发育中细胞类型中与孟德尔型儿童青光眼及复杂晚发性青光眼相关的基因表达的研究，并揭示了395个选择性表达的基因。这些发现为理解早期AHOP发育、识别新的疾病相关基因以及发现青光眼预防和治疗的分子靶点提供了基础资源。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
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