数据集获取

源站：https://search.dataone.org/view/sha256%3A26cb49373d419c837c213a3d3e282183d4a9e714fd8d4ef444ad540609e810ea

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

我们之前描述了一个过程，即由视网膜神经节细胞(RGC)轴突脱落下来的线粒体在小鼠视神经乳头处被周围星形胶质细胞转移并降解。由于线粒体自噬受体Optineurin (OPTN)是少数几个效应显著的青光眼基因之一，且轴突损伤发生在青光眼患者的视神经乳头，因此我们在此探究OPTN突变是否干扰线粒体的跨细胞降解。对非洲爪蟾视神经的活体成像显示，多种人类突变型而非野生型OPTN增加了静止线粒体和线粒体自噬机制及其在RGC轴突内的共定位，而对于与青光眼相关的OPTN突变，还增加了它们在轴突外的共定位。这些轴突外的线粒体由星形胶质细胞降解。我们的研究表明，表达携带青光眼相关突变的OPTN会导致轴突线粒体跨细胞降解增加。

青光眼相关视神经病变蛋白突变增加脊椎动物视神经中线粒体的跨细胞降解

数据集DOI：10.5061/dryad.zkh1893nt

数据与文件结构说明

本数据集包含5种原始数据，其中大部分为蝌蚪视神经的活体成像数据。大多数数据为单焦平面的时间序列（t系列），或覆盖视神经全厚度的单时间点切片（z系列）；这两种数据类型均使用转盘共聚焦显微镜采集。另有1幅图像使用立体荧光显微镜采集。还有1幅图同时包含同一神经的z系列和序列块面扫描电子显微镜（SBEM）数据，并包含固定和包埋组织块的X射线图像，该图像用于荧光与SBEM数据的配准。T系列和z系列荧光数据使用Andor Dragonfly转盘共聚焦显微镜采集。T…

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。