Fuchs角膜内皮营养不良患者与健康对照的角膜内皮细胞来源Descemet膜蛋白质组分析

该数据集来源于omicsdi.org,包含Fuchs角膜内皮营养不良(FECD)患者与非FECD受试者角膜内皮细胞来源的Descemet膜(DM)的shotgun蛋白质组学图谱

omicsdi
浏览 1
蛋白质分类Proteomics
Proteomic analysis of Descemet's membrane with corneal endothelial cells derived from patients with Fuchs endothelial corneal dystrophy and healthy control subjects

基本信息

模态
蛋白质
任务类型
分类
创建/更新时间
2026-10-28

资源简介

Fuchs角膜内皮营养不良患者与健康对照的角膜内皮细胞来源Descemet膜蛋白质组分析

该数据集收录了针对Fuchs角膜内皮营养不良(FECD)患者与非FECD受试者角膜内皮细胞来源的Descemet膜(DM)所开展的shotgun蛋白质组学分析结果,来源站为omicsdi.org,主题标签为蛋白质组学,在站内归入眼病/Fuchs角膜内皮营养不良分类。数据集以蛋白质组图谱的形式呈现两组样本间DM及其附着角膜内皮细胞的蛋白表达情况,并特别记录了仅在FECD来源DM中表达、而在对照者DM中未检出的32个特征性分子。这些信息为研究FECD的分子病理机制提供了直接的蛋白质层面观察材料,可供眼病基础研究、角膜疾病分子标志物探索等方向参考使用。

【数据集背景】

FECD是最常见的遗传性角膜疾病。其典型病理表现包括被称为guttae的纤维性局灶性赘生物,以及因角膜内皮细胞死亡所导致的角膜水肿,二者共同引起进行性视力丧失。该数据集正是在这一疾病背景下产生,旨在通过shotgun蛋白质组学手段比较FECD患者与健康对照者Descemet膜及角膜内皮细胞的蛋白质表达差异,从分子层面刻画疾病相关改变,为理解FECD的病理生理过程提供数据基础。

【数据内容】

数据集的核心内容是Descemet膜(DM)连同角膜内皮细胞的蛋白质组学图谱,覆盖FECD患者来源样本与非FECD受试者来源样本两类。源站描述指出,分析发现32个特征性分子仅在FECD来源的DM中表达,而在对照者的DM中未表达,这些分子可能在FECD的病理生理中发挥重要作用。除上述32个分子的数量与表达特异性信息外,数据集所包含的具体样本数量、蛋白鉴定总数、定量方法细节等未在来源信息中展开。

【采集与来源】

该数据集来源于omicsdi.org。样本取自FECD患者与非FECD受试者,材料为Descemet膜及其附着的角膜内皮细胞,检测方式为shotgun蛋白质组学。源站未提供更详细的样本采集流程、机构信息与实验批次说明。

【适用场景】

该数据集适用于FECD相关的基础与转化研究场景,例如:比较FECD与正常角膜内皮—Descemet膜复合体的蛋白质表达差异;围绕仅在FECD中表达的32个分子开展候选标志物或机制假设的探索;作为角膜内皮疾病蛋白质组学研究的参照资料;以及用于眼病分子病理教学与生物信息学再分析的方法学示例。使用时应结合具体研究问题判断其适用性。

【使用方法】

使用者可依据数据集提供的蛋白质组学图谱,对FECD组与对照组进行差异表达比较,重点关注源站所述仅在FECD-DM中表达的32个分子,并将其与guttae形成、内皮细胞死亡及角膜水肿等病理过程联系起来进行解读。由于源站未提供原始数据格式、检索参数与统计方法等细节,实际分析前需先确认数据文件类型与配套说明。

【质量与限制】

该数据集基于shotgun蛋白质组学,能够提供蛋白层面的表达信息,但源站未提供样本量、重复次数、定量准确性评估及验证实验等质量相关信息。数据集仅报告了32个分子在FECD-DM中表达而在对照DM中未表达这一结果,其生物学意义仍需独立验证。此外,源站未说明数据覆盖度与假阳性控制情况,使用者在解释结果时应保持谨慎。

【引用与许可】

源站未提供该数据集的引用方式与许可条款信息。

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使用方式

数据集获取

源站:https://omicsdi.org/dataset/massive/MSV000091078

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

该数据集包含通过鸟枪法蛋白质组学获得的Fuchs内皮性角膜营养不良(FECD)患者及非FECD受试者角膜内皮细胞来源的Descemet膜(DM)蛋白质组图谱。FECD是最常见的遗传性角膜疾病。称为滴状突的纤维状局灶性赘生物以及角膜内皮细胞死亡所致的角膜水肿会导致进行性视力丧失。我们的数据集表明,有32种独特分子仅在FECD-DM中表达,而在对照受试者的DM中不表达,这些分子可能在FECD的病理生理学中发挥重要作用。

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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