人角膜与房水转录组和蛋白质组整合分析揭示角膜内皮细胞功能障碍新型生物标志物

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE176481

标准获取流程：

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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
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     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

既往研究报道，房水（AH）中蛋白质水平升高与角膜内皮细胞功能障碍（CECD）相关，但其详细潜在机制及CECD的特异性生物标志物仍不明确。在本研究中，我们旨在鉴定AH中与角膜内皮细胞（CECs）变化直接相关的蛋白质标志物，因为AH易于获取用于分析。我们对来源于患者的AH进行了深入蛋白质组学分析，并对同一批由CECD所致大疱性角膜病变（BK）患者的CECs进行了转录组学分析。我们首先分别确定了CECD中CECs和AH的差异表达基因（DEGs）和差异表达蛋白（DEPs）。通过结合转录组学和蛋白质组学分析，在DEGs和DEPs之间观察到13个共同上调的标志物。通过数据非依赖性采集进行数据整合与个体分析，鉴定出三个上调的转录本和蛋白质，即金属肽酶抑制剂1（TIMP1）、IgG Fc片段结合蛋白（FCGBP）和血管生成素相关蛋白7（ANGPTL7）。

此外，我们通过个体蛋白质组验证和免疫测定验证，确认了CECD的AH生物标志物。总之，我们的发现可能为疾病过程提供有价值的见解，并识别用于评估BK发育过程中CEC功能的生物体液标志物。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。