大菱鲆VHSV感染肠道16s rRNA测序数据集
该数据集来自NCBI，包含大菱鲆幼鱼在VHSV感染后10天的肠道16s rRNA测序信息，样本涵盖未感染对照组、无症状感染个体及濒死感染个体
基本信息
资源简介
大菱鲆VHSV感染肠道16s rRNA测序数据集
该数据集来源于 NCBI，英文名称为 PRJNA1366097: Intestinal 16s rRNA sequencing of Scophthalmus maximus from control and VHSV-infected individuals at 10 dpi (asymptomatic and moribund fish)，收录的是大菱鲆（Scophthalmus maximus）幼鱼在病毒感染条件下的肠道 16s rRNA 测序信息。样本涵盖未感染的对照组、感染病毒性出血性败血症病毒（VHSV）后 10 天无症状的个体以及濒死的感染个体，主题标签为原始测序读长（Raw sequence reads）。该数据集旨在通过 16s rRNA 谱分析刻画与感染严重程度相关的肠道微生物群变化，为理解易感水产养殖物种在病毒感染过程中的宿主—微生物群动态提供数据基础。本站将其归入眼及附器疾病 / 其他分类。
【数据集背景】
病毒性出血性败血症病毒（VHSV）是一种可感染多种鱼类并造成养殖损失的病原。大菱鲆是重要的海水养殖经济鱼种，其幼鱼阶段对病原侵袭较为敏感。肠道微生物群在宿主免疫与健康状态中具有重要作用，感染过程中的菌群变化可能反映宿主与病原互作的后果。该数据集正是围绕这一背景，对 VHSV 感染后大菱鲆幼鱼肠道微生物群进行 16s rRNA 测序分析，以观察感染严重程度与微生物群落组成之间的关系。
【数据内容】
数据集包含三类样本的肠道 16s rRNA 测序信息：未感染的对照组、感染 VHSV 后 10 天无症状的个体，以及感染后 10 天处于濒死状态的个体。数据类型为原始测序读长（Raw sequence reads），可用于后续微生物群落组成分析。源站描述指出，VHSV 暴露导致微生物群落组成发生广泛的、与严重程度相关的转变；同时有一部分细菌属在无症状鱼与濒死鱼之间呈现相反的变化趋势，提示这些类群可能在抗性中具有潜在作用。源站未提供样本数量、测序平台、读长长度、扩增区域等具体技术参数。
【采集与来源】
数据来自 NCBI（ncbi.nlm.nih.gov），为公开提交的测序项目。样本对象为大菱鲆幼鱼，采样时间点为感染后 10 天（10 dpi），包括未感染对照、无症状感染个体和濒死感染个体三类。源站未提供采样地点、养殖条件、感染剂量、样本处理与保存方法等细节。
【适用场景】
该数据集适用于鱼类病毒感染的肠道微生物群研究，可用于比较未感染与不同感染严重程度个体之间微生物群落组成的差异，分析严重程度依赖的菌群变化模式，并探索在无症状与濒死个体间呈现相反趋势的细菌属及其潜在抗性意义。也可作为水产养殖物种宿主—微生物群互作研究的参考数据，或用于微生物组分析流程的方法学练习与验证。
【使用方法】
使用时应以原始测序读长为基础，按 16s rRNA 扩增子分析的一般流程进行质量控制、去噪或聚类、物种注释与多样性分析，再按对照组、无症状组和濒死组进行分组比较。由于源站未提供引物、测序区域与平台信息，分析前需自行核实原始数据中的技术细节。源站未提供具体的分析参数或推荐流程。
【质量与限制】
该数据集为原始测序读长，未提供经过整理的分析结果表。源站未提供样本量、测序深度、重复设置、阴性对照等信息，因而无法据此评估统计效力与批次效应。数据仅覆盖感染后 10 天这一时间点，无法反映更早或更晚时间点的动态变化。源站未提供许可条款与使用限制说明。
【引用与许可】
源站未提供引用格式与许可信息。使用时应遵循 NCBI 对公开序列数据的一般使用规范，并建议查阅项目页面获取最新的引用与使用要求。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1366097
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
本次提交包含受病毒性出血性败血症病毒（VHSV）感染的大菱鲆（Scophthalmus maximus）幼鱼的肠道16s rRNA测序信息。数据集包括未感染对照组以及感染后10天无症状和濒死VHSV感染个体的样本。采用16s rRNA谱分析来表征与感染严重程度相关的肠道微生物群变化。VHSV暴露导致微生物群落组成发生广泛的、严重程度依赖性的改变，而一部分细菌属在无症状和濒死鱼之间表现出相反的趋势，提示其可能在抗性中发挥作用。这些数据为理解一种易感水产养殖物种在病毒感染期间的宿主-微生物群动态提供了见解。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
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