18只健康小鼠视路在体扩散MRI数据集

数据集获取

源站：https://doi.org/10.5281/zenodo.8120833

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据集大小约 26.01 GB。

数据说明

该数据集包含18只健康小鼠视通路的锰增强T1加权和扩散加权图像。所有原始文件（Bruker）和部分处理后的文件（NIfTI）均已存储。动物本研究经纽约大学朗格尼健康中心机构动物护理与使用委员会（IACUC）批准。所有n=18只小鼠均为雌性，基因型C57BL/6，基线时7-8周龄，并在完成成像后24小时内处死。数据我们使用临床前宽孔径7T扫描仪进行在体MRI采集，配备四通道相控阵低温冷却接收专用线圈（Bruker BioSpin MRI GmbH，Ettlingen，Germany）。成像前，小鼠用吸入异氟烷麻醉（诱导3%，维持1.0-1.5%）。采集方案包括100µm各向同性分辨率的FLASH T1加权图像（TE/TR = 4.5/30ms）和200µm各向同性分辨率的多壳层DWI（多激发多层EPI，3个读出段，TE/TR = 27.6/2781ms，L/R相位编码），在b ∈ {250, 1000, 2250, 4000} [s/mm2]的径向线上分布60个方向采样，并与5幅b=0图像交错采集。

为尽量减少运动伪影，我们用咬合杆和一对耳杆将小鼠固定在固定器中。此外，我们使用了一个TTL（晶体管-晶体管逻辑）触发器，接收来自压力垫的输入，以校正与呼吸相关的运动伪影。dMRI协议预计扫描时间为37分钟24秒。使用触发器后的有效扫描时间在60至70分钟之间变化。在基线扫描后立即，当小鼠仍处于异氟烷诱导的全身麻醉状态时，我们向左眼（n左=8）或右眼（n右=10）玻璃体内注射了氯化锰（MnCl2）溶液。我们首先注射了1.0µl的0.1M MnCl2（小鼠1–2），最终降至0.5µl（小鼠3–18），而未观察到对比度增强的任何损失。最后，在注射后21±4小时，我们重复了完全相同的FLASH T1采集，以获得随访MEMRI扫描。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。