狗黄斑视网膜及支持组织的基因表达分析：与人类黄斑基因表达谱的比较

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE227619

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数据说明

犬类常被用作人类遗传性视网膜疾病的模型。由于犬视网膜包含一个类似黄斑的区域，犬易患与人类具有许多共同遗传病因的黄斑病变。人类黄斑基因表达已被表征，为黄斑疾病的潜在基础提供了见解。我们试图比较犬与人类的黄斑基因表达谱，并探究黄斑疾病相关基因在黄斑与外周之间的差异表达。对犬黄斑区和上外周区的8毫米样本进行了RNA测序，分别采集视网膜和视网膜色素上皮/脉络膜。读取序列比对到CanFam3.1，并分析原始读取计数，以确定每种组织内黄斑与外周之间显著差异表达的基因。使用已发表的人类样本数据集采用了类似的分析流程，以便直接进行犬/人比较。使用Database for Annotation, Visualization and Integrated Discovery鉴定了涉及显著差异表达基因的通路和过程。

狗与人类在黄斑视网膜差异基因表达的程度和方向上具有一致性，多个共享的生物学通路参与了差异表达。在视网膜的支持组织（RPE、脉络膜、巩膜）中，狗与人类之间的相似性较少。许多与狗和人类遗传性视网膜及黄斑疾病相关的基因在黄斑与外周之间呈差异表达。约三分之二与人类年龄相关性黄斑变性相关的基因在至少一种人类组织中呈差异表达，而约一半在至少一种狗组织中呈差异表达。这项工作支持狗黄斑视网膜区域在差异基因表达方面与人类黄斑具有相似性。尽管在狗中尚未描述年龄相关性黄斑病变，但证据支持

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。