E11.5小鼠视裂表达谱
该数据集来自ebi.ac.uk，为E11.5小鼠视裂区域的转录表达谱芯片数据。研究在视网膜发育中条件性敲除Fgfr1和Fgfr2的小鼠模型上，利用激光辅助显微切割获取对照与突变体视裂组织，提取RNA并杂交芯片，以分析FGF信号缺陷影响的转录本
基本信息
资源简介
E11.5小鼠视裂表达谱
Expression Profiles of E11.5 Mouse Optic Fissure 是一套来自 ebi.ac.uk 的转录表达谱芯片数据集，聚焦于胚胎第 11.5 天（E11.5）小鼠视裂（optic fissure）区域。该研究基于在发育中的视网膜内条件性同时突变 Fgfr1 与 Fgfr2 的小鼠模型，此类小鼠会形成眼组织缺损（coloboma）。为解析缺陷性 FGF 信号所影响的转录本，研究者采用激光辅助显微切割技术分别获取对照组与 FGFR 条件性突变体的视裂区域组织，提取 RNA 后进行标记并杂交至芯片，从而获得视裂区域的表达谱数据。该数据集在本站归类于眼及附器疾病 / 其他，主题标签为 transcription profiling by array 与 Mus musculus。
【数据集背景】
眼组织缺损（coloboma）是视裂闭合异常相关的一类眼部发育缺陷。该数据集所依托的研究关注 FGF 信号通路在视裂发育中的作用：在发育中的视网膜内同时条件性突变 Fgfr1 和 Fgfr2 的小鼠会表现出眼组织缺损表型。为理解这一表型背后的分子变化，研究者在 E11.5 这一胚胎时间点，对 FGF 信号缺陷所影响的转录本进行分析，从而构建了本套视裂区域表达谱数据。
【数据内容】
数据集为转录表达谱芯片数据（transcription profiling by array），物种为小鼠（Mus musculus）。数据比较的对象为 E11.5 的对照组与 Six3Cre+; Fgfr1fx/fx; Fgfr2 fx/fx 条件性突变体的视裂区域。所测量的内容为视裂区域中被缺陷性 FGF 信号影响的转录本表达情况。样本组织为通过激光辅助显微切割从上述两类小鼠中获取的视裂区域。其余关于芯片平台、探针数量、样本数目及具体差异表达基因列表等信息，源站未提供。
【采集与来源】
数据来源于 ebi.ac.uk。样本采集流程为：对 E11.5 的对照组与 Six3Cre+; Fgfr1fx/fx; Fgfr2 fx/fx 小鼠的视裂区域，使用激光辅助显微切割显微镜进行显微切割；随后提取 RNA，对 RNA 进行标记，并杂交至芯片。研究模型为在发育中的视网膜内特异性突变 Fgfr1 与 Fgfr2 的条件性突变小鼠。关于样本处理的更多实验细节与试剂信息，源站未提供。
【适用场景】
该数据集适用于分析与 FGF 信号缺陷相关的视裂区域转录本变化，可用于研究 Fgfr1/Fgfr2 条件性突变导致眼组织缺损时视裂区域的基因表达改变；也可作为眼部发育与眼及附器疾病相关研究中视裂区域表达谱的参考数据。关于该数据在其他具体研究场景中的适用性，源站未提供。
【使用方法】
使用者可依据源站提供的表达谱数据，对 E11.5 对照组与 Six3Cre+; Fgfr1fx/fx; Fgfr2 fx/fx 条件性突变体视裂区域的转录本表达进行比较分析，以识别受缺陷性 FGF 信号影响的转录本。关于数据下载方式、数据处理流程、归一化方法及分析软件等具体使用指引，源站未提供。
【质量与限制】
该数据集基于激光辅助显微切割获取的视裂区域组织，结合 RNA 提取、标记与芯片杂交流程，针对 E11.5 单一胚胎时间点的对照组与条件性突变体进行比较。关于样本量、重复数、数据质控指标、芯片平台信息及潜在技术偏倚等质量相关信息，源站未提供。使用时应结合源站原始记录确认数据的具体范围与适用条件。
【引用与许可】
该数据集来自 ebi.ac.uk。关于数据集的引用方式、原始文献出处及使用许可条款，源站未提供。
下载信息
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需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://ebi.ac.uk/biostudies/studies/E-GEOD-41260
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
E-GEOD-41260 E11.5小鼠视裂表达谱 通过芯片进行转录谱分析 EFO EFO_0002768 小家鼠 在发育中的视网膜中Fgfr1和Fgfr2双基因突变的小鼠会发展出缺损。为了分析受缺陷FGF信号传导影响的转录本
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
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