Rest功能破坏导致白内障早发及晶状体纤维细胞终末分化异常
该数据集来自 plos.figshare.com，围绕 Rest（又称 Nrsf）在眼组织发育中的作用展开。研究利用 Sox1-Cre 等位基因在包括晶状体和视网膜原基在内的早期神经组织中敲除 floxed Rest 基因，获得 Rest 条件性敲除（CKO）小鼠并与对照小鼠比较
基本信息
资源简介
Rest功能破坏导致白内障早发及晶状体纤维细胞终末分化异常
Disruption of Rest Leads to the Early Onset of Cataracts with the Aberrant Terminal Differentiation of Lens Fiber Cells
该数据集来自 plos.figshare.com，围绕 Rest（又称 Nrsf）在眼组织发育中的作用展开。研究利用 Sox1-Cre 等位基因在包括晶状体和视网膜原基在内的早期神经组织中敲除 floxed Rest 基因，获得 Rest 条件性敲除（CKO）小鼠并与对照小鼠比较。数据包含 4 个文件，样例为 S1 至 S4 图（TIF 格式），主题涉及晶状体上皮细胞、Sox1-Cre 等位基因、白内障起始标志蛋白、晶状体纤维调控因子、Notch 信号相关基因及晶状体纤维形成等。可用于研究 Rest 缺失导致白内障早发及晶状体纤维细胞终末分化异常的机制（来源 figshare，CC BY 4.0 许可）。
【数据集背景】
配套论文《Disruption of Rest Leads to the Early Onset of Cataracts with the Aberrant Terminal Differentiation of Lens Fiber Cells》发表于 PLOS ONE（2016），DOI：10.1371/journal.pone.0163042。源站首次发布：2016-09-15。
【数据内容】
源站描述（机器翻译，仅供参考）：REST（RE1-silencing transcription factor，又称 Nrsf）通过阻止神经元基因的过早表达，在体外参与维持神经元干/祖细胞的未分化状态。随后，发育中神经元内 REST 表达下降，以下调神经元基因，从而允许其成熟。然而，由于常规 Rest 敲除小鼠具有早期胚胎致死表型，REST 在体内神经发生过程中的功能仍有待阐明。为了研究 REST 在眼组织中的作用，我们构建并检查了在包括眼组织在内的神经组织中特异性引发 Rest 基因消融的小鼠。我们使用 Sox1-Cre 等位基因在包括晶状体和视网膜原基在内的早期神经组织中切除 floxed Rest 基因。所得 Rest 条件性敲除（CKO）小鼠和共对照小鼠被用于比较
【数据结构与技术规格】
文件数 4 个，合计 10.04 MB。数据集 DOI：10.1371/journal.pone.0163042。
【主题与分类】
源站学科分类：Medicine、Cell Biology、Genetics、Molecular Biology、Biological Sciences not elsewhere classified、Developmental Biology。主题标签：CKO、lens epithelial cells、Sox 1-Cre allele、onset cataract marker proteins、lens fiber regulators、Notch signaling-related genes、lens fiber formation、lens fiber regulator genes、down-regulated expression、Aberrant Terminal Differentiation。本站分类：眼及附器疾病。
【适用方向】
源站学科分类标注为 Medicine、Cell Biology、Genetics、Molecular Biology、Biological Sciences not elsewhere classified、Developmental Biology。
【获取与许可】
源站页面：https://plos.figshare.com/articles/dataset/Disruption_of_i_Rest_i_Leads_to_the_Early_Onset_of_Cataracts_with_the_Aberrant_Terminal_Differentiation_of_Lens_Fiber_Cells/3834498
使用许可：CC BY 4.0（https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/）。
规范引用：Aoki, Hitomi; Ogino, Hajime; Tomita, Hiroyuki; Hara, Akira; Kunisada, Takahiro (2016). Disruption of Rest Leads to the Early Onset of Cataracts with the Aberrant Terminal Differentiation of Lens Fiber Cells. PLOS ONE. Dataset
【使用注意】
· 源站最后修改于 2023-05-31，引用时请注意版本时效。
下载信息
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使用方式
数据集获取（Figshare）
- 源站标题：Disruption of <i>Rest</i> Leads to the Early Onset of Cataracts with the Aberrant Terminal Differentiation of Lens Fiber Cells
- DOI：10.1371/journal.pone.0163042
- 发布日期：2016-09-15
- 文件数：4 个
- 文件总体积：10.04 MB
- 源站页面：https://plos.figshare.com/articles/dataset/Disruption_of_i_Rest_i_Leads_to_the_Early_Onset_of_Cataracts_with_the_Aberrant_Terminal_Differentiation_of_Lens_Fiber_Cells/3834498
命令行下载
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curl -L -o "S2 Fig.TIF" "https://ndownloader.figshare.com/files/5987496"
curl -L -o "S3 Fig.TIF" "https://ndownloader.figshare.com/files/5987499"
curl -L -o "S4 Fig.TIF" "https://ndownloader.figshare.com/files/5987505"
文件清单
S1 Fig.TIF（5.85 MB）S2 Fig.TIF（1.46 MB）S3 Fig.TIF（1.02 MB）S4 Fig.TIF（1.71 MB）
文件总体积 10.04 MB（源站 API 实测）。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
数据说明
REST（RE1沉默转录因子，也称为Nrsf）通过阻止神经元基因的过早表达，参与维持体外神经干细胞/祖细胞的未分化状态。随后，在发育中的神经元中，REST表达下降，以下调神经元基因，从而允许其成熟。然而，由于传统Rest敲除小鼠的早期胚胎致死表型，REST在体内神经发生过程中的功能仍有待阐明。为了研究REST在眼组织中的作用，我们生成并检查了针对包括眼组织在内的神经组织特异性敲除Rest基因的小鼠。我们使用Sox1-Cre等位基因，在包括晶状体和视网膜原基在内的早期神经组织中切除floxed Rest基因。所得的Rest条件性敲除（CKO）小鼠和对照组小鼠用于比较形态学、组织学和基因表达分析。Rest CKO小鼠在出生后出现异常的晶状体形态。晶状体上皮细胞的增殖可能略有减少，并且形成空泡，而未观察到凋亡细胞的明显增加。
尽管未检测到迟发性白内障标志蛋白的异常表达，但包括先前鉴定的REST靶基因在内的Notch信号相关基因在出生前后表达上调，随后晶状体纤维调节因子如c-Maf和Prox1的表达下调。Rest条件性敲除诱导了出生后独特的白内障表型。Notch信号增强及晶状体纤维调节基因表达下调可能与该表型有关。我们的结果强调了REST功能在晶状体纤维形成中的重要性，这对于维持完整的晶状体结构是必要的。
许可
CC BY 4.0
引用
学术使用请引用 DOI 10.1371/journal.pone.0163042（source: https://plos.figshare.com/articles/dataset/Disruption_of_i_Rest_i_Leads_to_the_Early_Onset_of_Cataracts_with_the_Aberrant_Terminal_Differentiation_of_Lens_Fiber_Cells/3834498）。
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