自然发生的犬类综合征性先天性小眼球模型

数据集获取

源站：https://search.dataone.org/view/sha256%3A71b7797ae79b47872f41fe3b1cab5a2229b568586771c9eca69fae8b8282de8e

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

在人类中，先天性小眼球症的患病率估计为每10,000人中有0.2至3.0例，约80%的病例报告有眼外受累。遗传性眼病在犬类中已被广泛且描述性地表征，犬类眼病模型在理解病理生理学和开发新疗法方面发挥了重要作用。在葡萄牙水犬（PWD）中发现了一种自然发生的犬类综合征模型，其特征为小眼球症。由于眼外表现包括牙釉质畸形、生长迟缓、贫血和血小板减少，我们因此将该疾病命名为犬先天性小眼球伴造血缺陷（cCMHD）。GWAS和纯合性定位在犬4号染色体上检测到一个2-Mb的候选区域。全基因组测序并与Canfam4参考序列比对，揭示了一个SINE元件插入……血液样本采集自病例和对照——受综合征性先天性小眼球症影响和未受影响的葡萄牙水犬。DNA采用标准方法提取。

其中一部分样本在220k Illumina犬SNP芯片上进行了基因分型，用于纯合性定位和GWAS。对单个病例进行了全基因组测序（Illumina HiSeq2000），以探索候选区域。SNP芯片数据为plink格式，可通过plink 1.9或plink 2.0轻松转换为vcf。也可由多个R包直接读取（或轻松处理）。全基因组数据为fastq格式，可使用BWA等标准比对工具比对到参考基因组。# 数据来源：一种自然发生的犬类综合征性先天性小眼球模型全基因组测序，葡萄牙水犬，HiSeq2500双端 reads（2x 150 bp），来自一个小眼球病例：“MICR_PWD_R1.fastq.gz” 正向reads “MICR_PWD_R2.fastq.gz” 反向reads Illumina 220k犬SNP芯片基因分型：文件："MICR_PWD_GWAS.

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。