IDR idr0018-neff-histopathology 组织病理学数据集(experimentA)

本数据集为内分泌系统疾病领域的医学影像公开数据集,来源:idr。

idr
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医学影像分类1型糖尿病内分泌系统疾病组织病理学细胞组织成像IDRhistopathology
IDR idr0018-neff-histopathology (experimentA)

基本信息

模态
医学影像
任务类型
分类
创建/更新时间
2026-11-08

资源简介

IDR idr0018-neff-histopathology 组织病理学数据集(experimentA)

IDR idr0018-neff-histopathology(experimentA)是一个聚焦内分泌系统疾病中 1 型糖尿病的组织病理学细胞与组织成像数据集,收录于 Image Data Resource(IDR)这一由 OME/EMBL-EBI 维护的经策展细胞/组织成像研究资源,来源站为 idr.openmicroscopy.org。该数据集以组织病理学图像为核心内容,共包含 248 幅图像,属于 IDR 研究 idr0018-neff-histopathology 中的 experimentA 实验部分。从主题上看,它围绕 1 型糖尿病这一内分泌系统疾病展开,借助细胞与组织成像手段呈现相关组织病理学信息,适合作为该领域影像数据的检索、浏览与再利用入口。整体而言,该数据集规模适中、主题明确,是 IDR 平台中面向糖尿病组织病理学研究的专门数据集合之一。

【数据集背景】

该数据集所属的研究为 IDR 中的 idr0018-neff-histopathology,本次呈现的是其中的 experimentA 实验。IDR 是面向细胞与组织成像研究的策展型数据资源,由 OME/EMBL-EBI 维护,其收录的数据经过整理与组织,便于科研人员按研究、实验和图像层级进行访问。该数据集在本站被归类于内分泌系统疾病 / 1 型糖尿病方向,主题标签涵盖 1 型糖尿病、内分泌系统疾病、组织病理学、细胞组织成像、IDR 与 histopathology,说明其定位是服务于糖尿病相关组织病理学观察与研究的成像数据集合。

【数据内容】

该数据集包含 248 幅图像,全部来自 idr0018-neff-histopathology 研究的 experimentA 实验。图像内容属于细胞/组织成像范畴,主题方向为组织病理学,并与 1 型糖尿病这一内分泌系统疾病相关联。数据以图像为基本单位组织,可按研究—实验—图像的层级进行浏览。关于图像的具体染色方式、组织类型、分辨率、通道构成、样本数量与分组设计等信息,源站未提供。

【采集与来源】

数据来源站为 idr.openmicroscopy.org,即 Image Data Resource。该资源被描述为经策展的细胞/组织成像研究资源,归属 OME/EMBL-EBI。数据集英文名为 IDR idr0018-neff-histopathology (experimentA),对应研究编号 idr0018-neff-histopathology 下的 experimentA 实验。关于成像仪器、采集参数、样本制备流程、实验时间与地点等具体采集细节,源站未提供。

【适用场景】

基于其主题与数据类型,该数据集可用于 1 型糖尿病相关的组织病理学图像查阅与教学演示,也可作为细胞与组织成像研究中图像检索、浏览与数据再利用的示例资源。对于关注内分泌系统疾病影像数据组织方式的使用者,该数据集可作为 IDR 平台内按疾病主题定位数据的入口之一。关于该数据集在具体研究中的验证用途或已发表的分析结论,源站未提供。

【使用方法】

使用者可通过来源站 idr.openmicroscopy.org 访问该数据集,按研究 idr0018-neff-histopathology 及其 experimentA 实验定位到对应的 248 幅图像,并在 IDR 的图像浏览界面中查看。关于下载格式、批量获取方式、API 接口、账号权限要求及具体操作步骤,源站未提供。

【质量与限制】

该数据集由 IDR 以策展方式组织,属于经策展的细胞/组织成像研究资源的一部分,图像数量为 248 幅。关于图像质量评估指标、元数据完整度、标注信息、数据更新频率与已知技术局限,源站未提供。使用者应注意,该数据集仅覆盖 experimentA 实验部分,不能等同于整个 idr0018-neff-histopathology 研究的全部内容。

【引用与许可】

该数据集来自 Image Data Resource(idr.openmicroscopy.org),归属 OME/EMBL-EBI。关于具体的引用格式、作者列表、发表文献、许可协议类型与使用限制条款,源站未提供。

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下载信息

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使用方式

数据集获取

源站:https://idr.openmicroscopy.org/webclient?show=project-101

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

IDR study idr0018-neff-histopathology. Experiment: experimentA. Images: 248. Image Data Resource: curated cell/tissue imaging study (OME/EMBL-EBI).

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。

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