PRJNA1521064：棕榈酸与LPS诱导THP-1来源巨噬细胞炎症反应的整合转录组分析
该数据集来自NCBI，围绕肥胖相关慢性低度炎症，将THP-1细胞分化为巨噬细胞样细胞，单独用棕榈酸（PA）或联合PA与LPS刺激，模拟脂肪酸暴露及代谢性内毒素血症相关炎症应激，并进行RNA测序
基本信息
资源简介
PRJNA1521064：棕榈酸与LPS诱导THP-1来源巨噬细胞炎症反应的整合转录组分析
该数据集名为“PRJNA1521064: Integrated transcriptomic analysis of palmitic acid and LPS-induced inflammatory responses in THP-1-derived macrophages”，收录于NCBI，本站分类为内分泌、营养和代谢疾病下的肥胖症方向。数据集围绕肥胖相关慢性低度炎症这一核心问题，采用THP-1细胞分化为巨噬细胞样细胞，分别以棕榈酸（PA）单独刺激以及棕榈酸联合脂多糖（LPS）刺激，模拟脂肪酸暴露和代谢性内毒素血症相关的炎症应激，并开展RNA测序，以刻画上述处理引起的转录变化。其目标在于识别差异表达基因以及参与巨噬细胞炎症协同放大的炎症或代谢通路，重点关注NF-kappaB信号、花生四烯酸代谢和免疫代谢重塑。主题标签为“Raw sequence reads”，表明数据以原始测序读段形式提供。
【数据集背景】
肥胖相关的慢性低度炎症与巨噬细胞活化及代谢功能障碍密切相关。在肥胖状态下，机体长期暴露于升高的脂肪酸水平，并可能伴随代谢性内毒素血症，从而对巨噬细胞造成持续的炎症应激。该数据集正是基于这一背景，利用THP-1来源的巨噬细胞样细胞，通过棕榈酸单独处理或棕榈酸联合LPS处理，在体外模拟脂肪酸暴露与代谢性内毒素血症相关的炎症环境，以转录组层面研究其炎症反应特征。
【数据内容】
该数据集的核心内容为RNA测序产生的原始序列读段，主题标签明确为“Raw sequence reads”。测序用于表征棕榈酸单独处理以及棕榈酸联合LPS处理所诱导的转录变化。研究目的在于识别差异表达基因，以及参与巨噬细胞炎症协同放大的炎症或代谢通路，尤其聚焦NF-kappaB信号、花生四烯酸代谢和免疫代谢重塑。除上述信息外，源站未提供关于样本数量、测序平台、读长、数据量或具体分析结果的进一步说明。
【采集与来源】
数据来源于NCBI，数据集英文名称中已标明其研究对象为THP-1来源巨噬细胞中棕榈酸与LPS诱导炎症反应的整合转录组分析。实验体系为：将THP-1细胞分化为巨噬细胞样细胞，随后进行棕榈酸单独刺激或棕榈酸联合LPS刺激，并开展RNA测序。数据由NCBI站点提供，本站分类归入内分泌、营养和代谢疾病下的肥胖症方向。关于样本采集时间、地点、伦理审批或具体实验操作细节，源站未提供。
【适用场景】
该数据集适用于研究肥胖相关慢性低度炎症中巨噬细胞活化与代谢功能障碍的转录组机制。具体可用于分析棕榈酸暴露及棕榈酸联合LPS刺激下巨噬细胞样细胞的差异表达基因，探索NF-kappaB信号、花生四烯酸代谢以及免疫代谢重塑相关通路在炎症协同放大中的作用。也可作为代谢性内毒素血症相关炎症应激的体外转录组参考数据，用于比较单独脂肪酸暴露与脂肪酸联合内毒素刺激的转录响应差异。此外，原始测序读段可供重新分析、整合分析或方法学验证使用。
【使用方法】
该数据集以原始序列读段形式提供，使用者可根据研究目的进行常规转录组分析流程，包括读段质控、比对、表达定量、差异表达分析以及通路富集分析等。由于数据涉及棕榈酸单独处理和棕榈酸联合LPS处理两种条件，使用时可围绕这两种处理条件进行对比，以识别协同放大相关的基因和通路。若需关注NF-kappaB信号、花生四烯酸代谢或免疫代谢重塑，可在分析中针对性考察这些通路。关于具体的分析参数、参考基因组版本或推荐流程，源站未提供。
【质量与限制】
该数据集为NCBI收录的原始测序读段，主题标签为“Raw sequence reads”。其研究设计聚焦于THP-1来源巨噬细胞样细胞在棕榈酸及棕榈酸联合LPS刺激下的转录组变化，属于体外细胞模型，不能直接等同于体内肥胖相关慢性低度炎症的完整状态。关于测序深度、重复数、批次效应、数据质量评分或验证实验等信息，源站未提供。因此，使用者在解释结果时需注意体外模型的局限性，并结合自身分析目的评估数据适用性。
【引用与许可】
该数据集来源于NCBI，具体引用方式、许可条款或使用限制，源站未提供。使用者在引用或再利用该数据集时，应遵循NCBI及相关数据提交方的规定，并建议查阅数据集页面获取最新的引用与许可信息。
下载信息
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使用方式
数据集获取
源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1521064
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
肥胖相关的慢性低度炎症与巨噬细胞活化和代谢功能障碍密切相关。本研究将THP-1细胞分化为巨噬细胞样细胞，并分别以单独棕榈酸（PA）处理或棕榈酸联合脂多糖（LPS）刺激，以模拟脂肪酸暴露和代谢性内毒素血症相关炎症应激。采用RNA测序表征PA及PA+LPS处理诱导的转录变化。该数据集旨在识别参与巨噬细胞炎症协同放大的差异表达基因及炎症或代谢通路，尤其关注NF-κB信号通路、花生四烯酸代谢和免疫代谢重塑。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
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