PRJNA1478769：接受Gypenosides处理或PCOS模型供体粪菌移植后受体大鼠卵巢转录组RNA-Seq分析
该数据集来自 NCBI BioProject（ID 1478769），为一项 RNA-Seq 研究，分析接受粪菌移植后受体大鼠的卵巢转录组
基本信息
资源简介
PRJNA1478769：接受Gypenosides处理或PCOS模型供体粪菌移植后受体大鼠卵巢转录组RNA-Seq分析
PRJNA1478769 是 NCBI BioProject 数据库中的一项 RNA-Seq 研究项目，全称为“RNA-Seq Analysis of Ovarian Transcriptome in Recipient Rats after Fecal Microbiota Transplantation from Gypenosides-Treated or PCOS-Model Donors”。该数据集聚焦于内分泌、营养和代谢疾病领域，通过高通量测序技术，分析接受不同来源粪菌移植后受体大鼠卵巢组织的转录组变化。研究涉及从经绞股蓝皂苷处理的供体或 PCOS 模型供体获取粪菌，并移植给受体大鼠，进而比较其卵巢基因表达谱。该数据属于原始序列读长（Raw sequence reads）类型，为探索肠道菌群与卵巢功能之间的相互作用提供了转录层面的数据基础。
【数据集背景】
该数据集来源于 NCBI BioProject，项目编号为 1478769。BioProject 是 NCBI 提供的一项资源，用于汇集与某一特定研究计划相关的多种生物数据，这些数据通常来自单一组织或联盟。每个 BioProject 记录为用户提供了一个集中入口，以便查找该项目所产生的不同类型数据。本数据集所对应的研究计划，关注的是粪菌移植对受体大鼠卵巢转录组的影响，供体分别来自经绞股蓝皂苷处理的个体以及 PCOS 模型个体。这一背景涉及内分泌、营养和代谢疾病领域，尤其是多囊卵巢综合征（PCOS）相关的代谢与生殖异常。通过 RNA-Seq 分析卵巢转录组，该研究试图揭示粪菌移植后受体大鼠卵巢基因表达的潜在改变，从而为理解肠道微生物与卵巢功能之间的关联提供线索。
【数据内容】
该数据集的主题标签为“Raw sequence reads”，表明其核心内容为 RNA-Seq 产生的原始测序读长。这些读长来自受体大鼠的卵巢组织转录组测序。研究比较了两种不同供体来源的粪菌移植：一种来自经绞股蓝皂苷处理的供体，另一种来自 PCOS 模型供体。因此，数据内容应涵盖这两组受体大鼠卵巢样本的转录组测序结果。原始序列读长可用于后续的比对、定量和差异表达分析，以评估不同处理对卵巢基因表达的影响。源站未提供具体的样本数量、测序平台、读长长度、数据量等详细信息。
【采集与来源】
该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，属于 NCBI BioProject 数据库的一部分。项目英文名称明确指出了实验设计：对接受粪菌移植的受体大鼠卵巢进行 RNA-Seq 分析，供体分别为经绞股蓝皂苷处理或 PCOS 模型。采集的样本应为受体大鼠的卵巢组织，在移植后特定时间点获取。源站未提供具体的采集时间、地点、伦理审批信息或样本处理流程。
【适用场景】
该数据集适用于以下研究场景：探索粪菌移植对卵巢转录组的影响；比较经绞股蓝皂苷处理的供体与 PCOS 模型供体在调节受体卵巢基因表达方面的差异；研究肠道菌群与卵巢功能之间的分子机制；以及为 PCOS 相关的内分泌与代谢疾病研究提供转录组层面的数据支持。此外，该数据也可用于方法学参考，例如 RNA-Seq 数据分析流程的建立或验证。源站未提供具体的适用场景限制或推荐用途。
【使用方法】
使用者可通过 NCBI BioProject 数据库访问该数据集，项目编号为 1478769。由于数据主题标签为“Raw sequence reads”，用户可下载原始测序读长，并利用常规 RNA-Seq 分析工具进行质控、比对、转录本组装和差异表达分析。具体的数据下载链接、文件格式、分析软件建议等，源站未提供。
【质量与限制】
该数据集来自 NCBI BioProject，属于公共数据库中的项目记录。源站未提供关于数据质量评估、测序深度、重复性、批次效应或潜在偏差的具体信息。此外，由于仅包含原始序列读长，未提供经过处理或注释的数据，用户需自行完成后续分析。源站未提供关于数据限制的详细说明。
【引用与许可】
源站未提供该数据集的引用格式或使用许可信息。用户在使用时应参考 NCBI BioProject 的通用条款，并建议直接访问项目页面获取最新引用要求。源站未提供具体的许可类型或使用限制。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1478769
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
多囊卵巢综合征（PCOS）是一种常见的内分泌和代谢紊乱。尽管肠道菌群失调已被认为与PCOS有关，但证明仅通过菌群调节即可改善或诱导卵巢功能障碍的因果证据仍然有限。在本研究中，我们使用来曲唑诱导的PCOS大鼠模型进行了双向粪菌移植（FMT）实验。具体而言，将PCOS模型供体的菌群移植给正常受体大鼠（FMT-PCOS组），以检验PCOS相关菌群是否能传递疾病特征；同时将GPs调理的供体菌群移植给PCOS受体大鼠（FMT-GPs组），以检验GPs重编程的菌群是否能传递治疗益处。所有受体大鼠在FMT前均用抗生素混合物预处理以清除内源性肠道菌群。从两组受体大鼠中收集卵巢组织（每组n = 6）。提取总RNA并进行高通量RNA测序。所提交的数据集包含原始RNA-Seq文件（FASTQ格式）以及来自12个样本（每组6个）的样本元数据。
本转录组分析的目的在于：1) 鉴定FMT-GPs与FMT-PCOS受体大鼠之间的差异表达基因；2) 阐明GPs重编程微生物群改善卵巢功能及PCOS相关微生物群诱导功能障碍的分子途径（例如炎症、氧化应激、类固醇生成）；3) 为PCOS中“肠道微生物群-卵巢”轴提供因果关系的转录组证据。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
数据缺失？
依托陕西、四川两大基地，我们与超过十家三甲医院建立直接合作关系，覆盖合规授权、采集治理、专业标注、数据交付的全流程，为AI医疗团队提供即拿即用的高质量临床数据。
⚡️ 需要数据支持或标注服务？立即联系我们获取专业方案。
