肾结石样本全长16S rRNA基因V1至V9区测序数据
该数据集为一份肾结石样本的全长16S rRNA基因扩增子测序原始数据，覆盖V1至V9区，采用PacBio Sequel II平台和27F/1492R引物扩增，原始文件为FASTQ格式
基本信息
资源简介
肾结石样本全长16S rRNA基因V1至V9区测序数据
该数据集为一份肾结石样本的全长16S rRNA基因扩增子测序原始数据，覆盖V1至V9区，采用PacBio Sequel II平台和27F/1492R引物扩增，原始文件为FASTQ格式。样本来自一名45岁男性原发性甲状旁腺功能亢进伴复发性肾绞痛患者，结石为纯透钙磷石。数据可用于微生物群落组成与分类分析，并附有基于QIIME2 v2022.03、DADA2和classify sklearn算法生成的ASV表及物种分类结果（来源 ncbi.nlm.nih.gov）。
【数据内容】
源站描述（机器翻译，仅供参考）：该数据集包含对一份肾结石样本进行全长16S rRNA基因扩增子测序（V1至V9区）所得的原始测序数据，样本来自一名45岁男性原发性甲状旁腺功能亢进伴复发性肾绞痛患者，其结石为纯透钙磷石。测序使用PacBio Sequel II平台，实现高分辨率长读长数据采集。扩增采用通用引物对27F 1492R。原始数据文件以FASTQ格式提供。处理后的数据，包括扩增子序列变异（ASV）表和物种分类输出，使用QIIME2 v2022.03结合DADA2和classify sklearn算法生成。物种分类归属基于一个经过整理的参考数据库。
【主题与分类】
主题标签：Raw sequence reads。本站分类：内分泌、营养和代谢疾病/其他。
【获取与许可】
源站页面：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1475969
下载信息
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源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1475969
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- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
该数据集包含来自一名45岁男性肾结石样本的全长16S rRNA基因扩增子测序（V1至V9区域）原始测序数据。该患者患有原发性甲状旁腺功能亢进症和复发性肾绞痛，并形成了纯透钙磷石结石。测序使用PacBio Sequel II平台进行，实现了高分辨率和长读长数据采集。扩增采用通用引物对27F 1492R。原始数据文件以FASTQ格式提供。使用QIIME2 v2022.03结合DADA2和classify sklearn算法生成了处理后的数据，包括扩增子序列变异（ASV）表和分类学分类输出。分类学归属基于一个经过整理的参考数据库。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
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