基本信息

模态

基因组

创建/更新时间

2026-10-20

资源简介

PRJNA1472623：猪BCG免疫细胞RNA ATAC ISU USDA Tuggle Loving

PRJNA1472623: Porcine_BCG_Immune_Cells_RNA_ATAC_ISU_USDA_Tuggle_Loving 是收录于 NCBI BioProject 数据库的一项生物研究计划记录，编号为 1472623。该记录围绕猪（Porcine）在 BCG 免疫背景下的免疫细胞展开，名称中同时出现 RNA 与 ATAC 字样，提示该项目涉及转录组与染色质可及性两类测序数据。BioProject 作为生物数据的集合性入口，将围绕单一研究计划、由单一机构或联盟发起产生的多种数据类型汇聚于一处，便于用户集中查找与访问。本站将该数据集归类于内分泌、营养和代谢疾病 / 其他类别，主题标签为原始序列读段（Raw sequence reads），来源站为 ncbi.nlm.nih.gov。

【数据集背景】

BioProject 是 NCBI 提供的一种项目级记录形式，其设计目的是将围绕同一项研究计划产生的各类生物数据组织在一起。该计划通常由单一机构或联盟发起，BioProject 记录本身并不直接存储全部实验数据，而是提供一个统一的定位入口，使用户能够从一处出发，链接到该项目所生成的多种数据类型。本数据集的英文名称中包含 Porcine、BCG、Immune_Cells、RNA、ATAC 以及 ISU、USDA、Tuggle、Loving 等要素，反映出该项目以猪为研究对象、以 BCG 免疫为研究情境、以免疫细胞为样本对象，并涉及 RNA 与 ATAC 两类测序策略，同时名称中带有机构与研究者相关的标识信息。

【数据内容】

该数据集的主题标签为原始序列读段（Raw sequence reads），说明其数据内容以测序产生的原始读段为主。数据集名称中同时包含 RNA 与 ATAC，表明项目涵盖 RNA 测序与 ATAC 测序两种类型的数据产出。BioProject 记录的作用在于汇集该项目所产生的多种数据类型，并提供指向这些数据的链接入口。除上述信息外，源站未提供关于具体样本数量、测序平台、读长、数据量或文件格式的进一步说明。

【采集与来源】

该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，源站标题为“ID 1472623 - BioProject - NCBI”。BioProject 记录来源于单一组织或联盟发起的单一研究计划，本项目的名称中包含 ISU、USDA 等标识，以及 Tuggle、Loving 等研究者相关字样，提示该项目与上述机构及人员存在关联。除这些名称要素外，源站未提供关于采样地点、采样时间、样本处理流程、伦理审批或具体实验方案的详细信息。

【适用场景】

BioProject 作为项目级数据入口，适用于希望围绕某一研究计划集中获取其多种数据类型链接的用户。就本数据集而言，其主题标签为原始序列读段，且名称涉及猪、BCG 免疫、免疫细胞以及 RNA 与 ATAC 测序，因此可服务于对该项目所产原始测序数据进行检索、下载与再利用的需求。本站将其归类于内分泌、营养和代谢疾病 / 其他，可作为该分类下的数据资源进行组织与发现。除上述基于名称与标签的说明外，源站未提供关于具体分析用途或研究结论的信息。

【使用方法】

用户可通过 NCBI BioProject 记录（ID 1472623）访问该项目，并借助 BioProject 提供的统一入口链接到该项目所产生的多种数据类型。由于该记录的主题标签为原始序列读段，使用者可据此定位到相应的原始测序数据。关于数据下载方式、配套分析工具、参考基因组版本或处理流程等具体操作信息，源站未提供。

【质量与限制】

BioProject 记录本身是项目级的数据集合入口，其描述说明该记录提供指向项目所产生多种数据类型的链接，而非对数据质量本身的评价。本数据集的主题标签为原始序列读段，属于未经加工的数据层级。关于测序质量、覆盖度、重复性、批次效应或数据完整性等具体质量指标，源站未提供。此外，关于样本量、实验设计细节与统计效力等信息，源站亦未提供，使用者在再利用时需自行评估适用性。

【引用与许可】

该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，源站标题为“ID 1472623 - BioProject - NCBI”。关于该数据集的引用格式、许可条款、使用限制或数据共享政策，源站未提供。

原始链接

https://ncbi.nlm.nih.gov/Traces/study?acc=PRJNA1472623

访问原始数据

官方服务

专家保障全链路合规授权与标注交付

陕川双基地 × 超十家三甲医院直连

从合规授权、采集治理、专业标注到数据集交付，我们提供全链路闭环服务，让高质量临床数据即拿即用。

⚡️ 需要原始数据或标注支持？联系我们获取定制方案。

帮我联系

下载信息

注册下载

需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。

暂未开放

公开下载

无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。

免登录

有偿下载

公开数据集受托下载与技术交付服务。

提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）

暂未开放

当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。

使用方式

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1472623

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

本数据集包含来自猪CD14+单核细胞的RNA-seq和ATAC-seq数据，用于研究BCG诱导的训练免疫。新生仔猪通过静脉接种BCG丹麦株或PBS对照（每组n=10），并在接种后3周和6周采集血液。分离单核细胞，并在RNA提取和QuantSeq 3’ mRNA-seq文库制备前，用单独培养基（未刺激）、脂多糖（LPS）或Pam3CSK4体外刺激4小时。对来自6周时间点的新鲜分离、未刺激的单核细胞进行ATAC-seq，以评估全基因组染色质可及性变化。RNA-seq文库在Illumina NovaSeq6000上测序（单端，100循环）。读段比对到猪参考基因组Sus scrofa 11.1（Ensembl release 97）。整合分析鉴定出超过3,150个差异表达基因和4,805个与BCG治疗相关的差异可及染色质峰，富集于先天免疫应答和代谢重编程通路。

该数据集支持提交至BMC Genomics的手稿“猪单核细胞转录组和染色质可及性的整合分析揭示与BCG诱导的训练免疫相关的变化”。数据在美国爱荷华州埃姆斯市的爱荷华州立大学和美国农业部农业研究局国家动物疾病中心生成。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别