PRJNA1449727：骨质疏松性髋部骨折 CKD 患者的肠道菌群失调与微生物代谢改变
该数据集来自 NCBI BioProject，编号 PRJNA1449727，主题为骨质疏松性髋部骨折的慢性肾脏病（CKD）患者的肠道菌群失调与微生物代谢改变
基本信息
资源简介
PRJNA1449727：骨质疏松性髋部骨折 CKD 患者的肠道菌群失调与微生物代谢改变
PRJNA1449727 是 NCBI BioProject 数据库中的一项生物项目记录，其英文名称为“Gut Dysbiosis and Microbial Metabolic Alterations in CKD Patients with Osteoporotic Hip Fracture”，中文可译为“骨质疏松性髋部骨折的慢性肾脏病（CKD）患者的肠道菌群失调与微生物代谢改变”。该数据集在本地分类中归属于“内分泌、营养和代谢疾病 / 其他”类别，来源站为 ncbi.nlm.nih.gov。其主题标签为“Raw sequence reads”，即原始序列读长，说明该项目涉及测序数据的产出。整体来看，该数据集聚焦于慢性肾脏病合并骨质疏松性髋部骨折患者群体中肠道菌群失调及微生物代谢改变这一研究方向，为相关领域的研究者提供了一个可检索、可链接的生物项目入口。
【数据集背景】
BioProject 是 NCBI 提供的一种生物项目记录机制，用于汇集与某一特定研究计划相关的多种生物数据。根据源站描述，一个 BioProject 可以来自单一机构或联盟，其记录为用户提供一个统一的位置，以便找到该项目所产生的不同类型数据之间的链接。PRJNA1449727 正是这样一个 BioProject 记录，其研究主题围绕慢性肾脏病（CKD）患者中骨质疏松性髋部骨折情况下的肠道菌群失调与微生物代谢改变。该主题涉及内分泌、营养和代谢疾病领域，尤其是 CKD 与骨代谢异常之间的交叉方向。
【数据内容】
该数据集的主题标签为“Raw sequence reads”，表明其数据内容以原始测序读长为主。这意味着该项目可能包含通过高通量测序技术产生的原始序列数据，用于分析肠道微生物群的组成和功能。然而，关于具体的样本数量、测序平台、读长长度、目标基因或基因组区域、数据文件格式及大小等细节，源站未提供。因此，无法进一步描述其数据内容的具体构成。
【采集与来源】
该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，属于 NCBI 的 BioProject 数据库。其英文名称明确指向研究人群为“CKD Patients with Osteoporotic Hip Fracture”，即患有骨质疏松性髋部骨折的慢性肾脏病患者。关于样本采集的具体地点、时间、机构、伦理审批信息以及纳入排除标准等，源站未提供。该 BioProject 记录本身仅提供项目层面的描述和链接，不包含详细的采集方案。
【适用场景】
基于其主题标签“Raw sequence reads”和研究主题，该数据集适用于肠道微生物组学分析、慢性肾脏病与骨代谢异常的关联研究、骨质疏松性髋部骨折的微生物因素探索等场景。研究人员可以利用原始测序读长进行微生物群落结构、多样性及潜在代谢功能的分析。然而，由于源站未提供具体的实验设计、样本信息和测序细节，实际适用性需结合项目链接中的其他数据资源进行判断。
【使用方法】
用户可通过 NCBI BioProject 数据库访问该记录，编号为 PRJNA1449727。BioProject 记录本身提供指向该项目所产生的不同类型数据的链接，用户可据此获取原始序列读长及其他相关数据。具体的数据下载方式、分析流程及工具选择取决于用户的研究目的和数据类型。源站未提供针对该数据集的具体使用指南或推荐分析流程。
【质量与限制】
该数据集为 BioProject 记录，其质量与限制取决于项目提交方提供的信息以及后续数据的可用性。源站未提供关于数据质量评估、测序深度、覆盖度、重复性、对照设置或潜在偏差的具体信息。此外，由于仅有一个 BioProject 记录，无法确认原始数据是否已完全公开或是否存在访问限制。用户在使用时应自行评估数据的适用性和可靠性。
【引用与许可】
关于该数据集的引用方式、许可协议、使用条款或数据共享政策，源站未提供。用户在使用该 BioProject 记录及其关联数据时，应遵循 NCBI 的通用使用政策，并建议查阅项目页面以获取可能的引用要求或联系项目提交方。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1449727
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
慢性肾脏病（CKD）与骨质疏松性髋部骨折风险增加相关，但肠道微生物群在这一过程中的作用仍不完全清楚。本研究旨在表征伴有骨质疏松性髋部骨折的CKD患者肠道微生物群的变化，并探讨其与微生物来源代谢物及骨相关分子标志物的关联。收集非透析CKD患者（按疾病分期分层）及非CKD对照的骨质疏松性髋部骨折患者的粪便样本。提取微生物DNA，并使用Illumina平台对V3-V4区域进行16S rRNA基因测序。下游分析包括评估微生物多样性、分类组成及差异丰度。
同时，对循环中微生物代谢物水平，包括短链脂肪酸（SCFAs）和三甲胺N氧化物（TMAO），以及外周血单核细胞（PBMCs）中骨相关基因表达进行了评估，以探究肠-肾-骨轴内的潜在联系。该数据集为了解肠道微生物群失调及其对慢性肾脏病（CKD）骨骼并发症的潜在贡献提供了资源。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
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