基本信息

模态

基因组

任务类型

分类

创建/更新时间

2026-10-20

资源简介

雄性和雌性BALB/c小鼠轻度和重度后肢缺血比较转录组分析

PRJNA1377889 数据集来自 NCBI，围绕雄性 BALB/c 小鼠后肢缺血模型展开比较转录组分析，旨在刻画轻度缺血与重度缺血两种状态下的转录组差异。该研究以高保真小鼠后肢缺血模型为基础，分别构建了代表轻度缺血（类似间歇性跛行、代偿性）和重度缺血（类似重症肢体缺血、失代偿性）的两套转录组数据，每组设置 3 个生物学重复。数据集所属分类为内分泌、营养和代谢疾病 / 其他，主题标签为 Genome sequencing and assembly。其核心价值在于为揭示外周动脉疾病从间歇性跛行向重症肢体缺血进展过程中的分子机制提供转录层面的数据资源。

【数据集背景】

外周动脉疾病（PAD）的病理进展可从间歇性跛行（IC）逐步发展为重症肢体缺血（CLI），这一过程涉及代偿性适应反应逐渐失效。该研究正是针对这一临床问题，试图阐明调控 PAD 病理进展的分子机制。研究采用高保真小鼠后肢缺血（HLI）模型，构建轻度缺血（IC 样、代偿性）与重度缺血（CLI 样、失代偿性）两种状态的比较转录组数据，以识别导致适应性反应失败的关键转录变化和通路紊乱，例如未受控制的慢性炎症、代谢崩溃或肌肉分解代谢加速等，这些因素最终决定疾病是处于可存活状态还是威胁肢体的病理状态。

【数据内容】

该数据集包含来自缺血肌肉的比较转录组数据，分为两组：一组代表轻度缺血（IC 样、代偿性），另一组代表重度缺血（CLI 样、失代偿性）。每组均使用 n=3 个生物学重复。数据以转录组图谱的形式呈现，可用于比较两种缺血程度下基因表达层面的差异。数据集的主题标签为 Genome sequencing and assembly，所属分类为内分泌、营养和代谢疾病 / 其他。关于具体测序平台、读长、基因表达矩阵或差异表达基因列表等细节，源站未提供。

【采集与来源】

数据来源于 ncbi.nlm.nih.gov。研究对象为雄性 BALB/c 小鼠，采用后肢缺血模型。实验设计为比较轻度缺血与重度缺血两种状态，分别对应 IC 样代偿状态和 CLI 样失代偿状态，每组 3 个生物学重复。关于样本采集的具体时间点、组织取材部位、测序建库方法及测序深度等信息，源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于研究外周动脉疾病从间歇性跛行向重症肢体缺血进展的分子机制，尤其适合关注代偿性适应反应失败、慢性炎症、代谢紊乱及肌肉分解代谢等方向的转录组分析。也可用于比较轻度与重度缺血状态下转录层面的差异，识别关键转录变化和通路紊乱。此外，该数据集可作为研究肢体缺血相关基因表达变化的参考资源。关于是否适用于其他物种、其他疾病模型或临床转化研究，源站未提供。

【使用方法】

该数据集可用于比较轻度缺血与重度缺血两组样本的转录组图谱，通过组间比较识别差异表达基因和受影响的生物学通路。由于每组设有 3 个生物学重复，可在分析中考虑生物学变异。具体分析流程、标准化方法、统计模型及可视化方式需依据使用者自身的研究目的确定。关于数据下载格式、配套分析工具或推荐流程，源站未提供。

【质量与限制】

该数据集基于雄性 BALB/c 小鼠后肢缺血模型，每组 3 个生物学重复，属于动物模型层面的比较转录组数据。其结论向人类 PAD 临床情况的直接外推需谨慎。关于测序质量、数据完整性、批次效应、样本排除标准及验证实验等信息，源站未提供。数据集分类为内分泌、营养和代谢疾病 / 其他，主题标签为 Genome sequencing and assembly，使用者应结合自身研究问题评估适用性。

【引用与许可】

该数据集来自 NCBI，具体引用方式、许可条款和使用限制，源站未提供。使用时应遵循 NCBI 及数据提交方的相关要求。

原始链接

https://ncbi.nlm.nih.gov/Traces/study?acc=PRJNA1377889

访问原始数据

官方服务

专家保障全链路合规授权与标注交付

陕川双基地 × 超十家三甲医院直连

从合规授权、采集治理、专业标注到数据集交付，我们提供全链路闭环服务，让高质量临床数据即拿即用。

⚡️ 需要原始数据或标注支持？联系我们获取定制方案。

帮我联系

下载信息

注册下载

需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。

暂未开放

公开下载

无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。

免登录

有偿下载

公开数据集受托下载与技术交付服务。

提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）

暂未开放

当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。

使用方式

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1377889

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

本研究的关键目的在于阐明调控外周动脉疾病（PAD）从间歇性跛行（IC）向重症肢体缺血（CLI）病理进展的分子机制。我们利用高保真小鼠后肢缺血（HLI）模型，从缺血肌肉中生成两个不同的比较转录组数据集（每组n=3生物学重复）：一个代表轻度缺血（IC样，代偿期），一个代表重度缺血（CLI样，失代偿期）。核心目标是识别导致适应性反应失败的关键转录转变和通路紊乱，如不受控制的慢性炎症、代谢崩溃或加速的肌肉分解代谢，这些最终区分了可存活疾病与威胁肢体的病理状态。该数据集为揭示缺血恶化的特定分子特征提供了重要资源，对于识别能够阻止PAD向截肢和组织丧失进展的新型生物标志物和治疗靶点具有重要意义。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别