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创建/更新时间

2026-10-20

资源简介

PRJNA1305029：铜绿假单胞菌临床分离株中黏蛋白诱导的代谢重编程

该数据集对应 NCBI BioProject 编号 PRJNA1305029，项目名称为“Mucin-induced metabolic reprogramming in Pseudomonas aeruginosa clinical isolates”，中文可译为“铜绿假单胞菌临床分离株中黏蛋白诱导的代谢重编程”。其源站标题为“ID 1305029 - BioProject - NCBI”，来源站为 ncbi.nlm.nih.gov。本站将其归入“内分泌、营养和代谢疾病 / 其他”分类，主题标签为“Raw sequence reads”。整体来看，这是一个围绕铜绿假单胞菌临床分离株、黏蛋白诱导与代谢重编程主题建立的 BioProject 项目记录，用户可通过该记录定位与项目相关的原始序列读长等生物数据。以下按不同方面对该数据集进行介绍。

【数据集背景】

BioProject 是围绕单一研究计划或倡议汇集生物数据的记录集合，通常来源于单一组织或联合体。一个 BioProject 记录为用户提供一个统一入口，用于查找该项目所产生的多种数据类型及其相关链接。该数据集正是 NCBI BioProject 体系中的一个项目记录，编号为 PRJNA1305029。其研究主题聚焦于铜绿假单胞菌临床分离株中由黏蛋白诱导的代谢重编程。铜绿假单胞菌是一种常见的临床相关细菌，而黏蛋白通常与呼吸道等黏膜环境相关；代谢重编程则指向细菌在特定环境刺激下代谢途径或代谢状态的调整。该 BioProject 以“Raw sequence reads”为主题标签，说明其关联数据以原始序列读长为主。本站将其归入“内分泌、营养和代谢疾病 / 其他”分类，反映了该数据集在代谢相关主题下的归类位置。

【数据内容】

该数据集的主题标签为“Raw sequence reads”，表明其数据内容以原始序列读长为核心。项目名称明确指出研究对象为铜绿假单胞菌临床分离株，研究焦点为黏蛋白诱导的代谢重编程。因此，该 BioProject 记录所汇集的数据应与上述主题相关，并可通过 BioProject 记录链接到该项目产生的多种数据类型。除“Raw sequence reads”这一主题标签外，关于具体样本数量、测序平台、读长长度、数据量、文件格式、分析流程或结果文件等信息，源站未提供。该记录本身作为 BioProject 条目，主要作用是提供项目层面的统一入口，而非直接展示全部原始数据文件。

【采集与来源】

该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，源站标题为“ID 1305029 - BioProject - NCBI”。其英文名称为“PRJNA1305029: Mucin-induced metabolic reprogramming in Pseudomonas aeruginosa clinical isolates”。从 BioProject 的一般定义看，此类记录来源于单一组织或联合体，用于汇集与单一研究计划相关的生物数据。该项目的具体提交机构、研究团队、样本采集地点、采集时间、临床分离株来源医院或地区、伦理审批信息等，源站未提供。项目主题涉及铜绿假单胞菌临床分离株，说明其研究对象与临床分离菌株相关，但具体分离株的详细背景信息未在现有信息中说明。

【适用场景】

该数据集适用于需要定位或获取与“铜绿假单胞菌临床分离株中黏蛋白诱导的代谢重编程”相关原始序列读长的场景。研究人员可通过该 BioProject 记录查找该项目关联的多种数据类型，并进一步访问原始序列读长数据。其主题标签“Raw sequence reads”表明，该数据集可能适合用于涉及原始测序读长的分析、再分析或数据整合工作。本站分类“内分泌、营养和代谢疾病 / 其他”则提示该数据集在代谢相关疾病或代谢研究分类下具有检索价值。此外，由于 BioProject 记录提供统一入口，该数据集也适用于需要从项目层面了解数据组织方式、链接关系或数据类型的用户。关于具体分析应用、实验设计用途或临床解释，源站未提供。

【使用方法】

用户可通过 NCBI BioProject 编号 PRJNA1305029 在 ncbi.nlm.nih.gov 上查找该记录。BioProject 记录提供用户一个统一位置，用于查找为该项目生成的多种数据类型链接。因此，使用该数据集时，可先访问该 BioProject 记录，再根据记录中提供的链接跳转至相关数据资源。主题标签“Raw sequence reads”提示用户可关注原始序列读长类数据。关于具体下载方式、数据访问权限、是否需要申请、使用何种工具处理、是否有配套分析脚本或流程等，源站未提供。由于该记录属于 BioProject 层面的条目，用户在使用时应注意区分项目元数据与具体数据文件，并根据源站提供的链接进一步获取所需数据。

【质量与限制】

该数据集作为 NCBI BioProject 记录，其基本功能是汇集与单一研究计划相关的生物数据并提供统一入口。现有信息中未提供关于数据质量、测序深度、覆盖度、重复性、对照设置、样本完整性或数据校验结果的具体说明。该数据集的主题标签为“Raw sequence reads”，意味着其关联数据可能以原始读长形式存在，原始数据通常需要进一步处理和质量控制后才能用于特定分析。关于该项目的具体限制、偏差、样本量、统计功效或适用范围，源站未提供。本站分类为“内分泌、营养和代谢疾病 / 其他”，该分类仅表示其在站内的归类位置，不代表对数据质量或临床适用性的评价。用户在使用时应结合源站记录和原始数据说明进行判断。

【引用与许可】

该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，源站标题为“ID 1305029 - BioProject - NCBI”。关于该数据集的引用方式、许可协议、使用条款、是否允许再分发、是否需要遵守特定数据使用政策等信息，源站未提供。用户在使用该 BioProject 记录及其关联数据时，应参考 NCBI 源站的相关规定以及项目提交方可能提出的要求。由于现有信息未包含具体许可条款，无法确认该数据集是否适用于商业用途、是否允许重新发布或是否需要额外授权。建议用户直接访问源站记录，以获取最新的引用与许可信息。

原始链接

https://ncbi.nlm.nih.gov/Traces/study?acc=PRJNA1305029

访问原始数据

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当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。

使用方式

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1305029

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

从弗吉尼亚大学健康系统的971个分离株样本中，选取了一组具有代表性的临床铜绿假单胞菌分离株。这些分离株在含有和不含黏蛋白的合成囊性纤维化培养基(SCFM2)中培养。本数据集包含了样本的原始测序读段。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别