小鼠胰岛素受体5UTR的DMS-MaPseq数据
该数据集为PRJNA1180554，包含针对小鼠胰岛素受体5UTR及其定点突变变体的DMS-MaPseq RNA结构探测数据，样本来自HEK293T细胞及体外环境
基本信息
资源简介
小鼠胰岛素受体5UTR的DMS-MaPseq数据
PRJNA1180554 是一个聚焦 RNA 结构探测的原始序列读取数据集，其核心对象是小鼠胰岛素受体 5' 非翻译区（5UTR）及其经定点突变产生的变体。该数据集通过 DMS-MaPseq 技术获取 RNA 结构信息，样本来源包括 HEK293T 细胞内外两种环境。数据以 FASTQ 格式提供，属于内分泌、营养和代谢疾病领域的其他类目，来源于 NCBI 站点。该数据集旨在支撑一项关于“结构指导的突变分析鉴定小鼠胰岛素受体 5UTR IRES 功能关键保守区域”的研究，相关论文已上传至 BioRXiv 并提交至 Nucleic Acids Research 接受同行评审。作者包括 William B. Dahl、Tammy C.T. Lan、Silvia Rouskin 和 Michael T. Marr II，通讯作者为 Michael T. Marr II。
【数据集背景】
该数据集所支撑的研究关注小鼠胰岛素受体 5' 非翻译区的内部核糖体进入位点（IRES）功能。IRES 元件在翻译起始调控中具有重要作用，而 RNA 二级和三级结构往往决定其功能活性。为了解析小鼠胰岛素受体 5UTR 中哪些结构区域对 IRES 功能至关重要，研究者采用了结构指导的突变策略，并结合 DMS-MaPseq 进行 RNA 结构探测。该研究的相关成果已以预印本形式上传至 BioRXiv，并于 2024 年提交至 Nucleic Acids Research 接受同行评审。数据集的产生正是为了公开支撑这些研究发现的结构探测原始数据。
【数据内容】
该数据集包含 FASTQ 格式的原始序列读取，来源于 DMS-MaPseq RNA 结构探测实验。探测对象为小鼠胰岛素受体 5UTR，以及通过定点突变技术生成的该 5UTR 的多种变体。实验在 HEK293T 细胞内外两种条件下进行，因此数据涵盖了细胞内环境与体外环境下的 RNA 结构信息。主题标签为“Raw sequence reads”，表明数据属于未经处理的原始测序读取。此外，源站描述提及一个相关的 SRA 提交（SUB14830418），其中包含在这些实验中探测的病毒 IRES 的 DMS-MaPseq 数据，具体为丙型肝炎病毒（HCV）IRES 和脑心肌炎病毒（EMCV）IRES，但该相关提交并非本数据集 PRJNA1180554 的直接内容。
【采集与来源】
数据来源于 NCBI 站点，属于该站点的公开数据。实验使用的细胞系为 HEK293T 细胞，同时包含体外实验条件。DMS-MaPseq 是一种将硫酸二甲酯（DMS）化学修饰与突变谱测序相结合的技术，用于在核苷酸分辨率上探测 RNA 二级结构。样本包括小鼠胰岛素受体 5UTR 的野生型以及通过定点突变生成的变体。源站描述中列出了作者和通讯作者信息，通讯作者邮箱为 mmarr@brandeis.edu。数据集的英文名称为“PRJNA1180554: DMS-MaPseq data for the mouse insulin receptor 5UTR”。
【适用场景】
该数据集适用于研究 RNA 结构探测、IRES 功能机制以及胰岛素受体翻译调控的相关工作。具体而言，可用于分析小鼠胰岛素受体 5UTR 及其突变变体在细胞内和体外条件下的 DMS 反应性差异，进而推断 RNA 二级结构变化。由于数据涉及定点突变变体，也可用于比较野生型与突变型之间的结构差异，以识别对 IRES 功能关键的区域。此外，对于从事 DMS-MaPseq 方法开发或优化的研究者，该数据集可作为真核细胞内外 RNA 结构探测的参考数据。相关病毒 IRES 数据（HCV 和 EMCV）存在于另一个 SRA 提交中，可能对比较病毒与细胞 IRES 的结构特征有辅助价值。
【使用方法】
使用者可通过 NCBI 站点访问 PRJNA1180554 数据集，下载 FASTQ 格式的原始测序读取。典型的分析流程包括：对原始读取进行质量控制和修剪，比对到参考序列（小鼠胰岛素受体 5UTR 及其变体），然后根据 DMS 修饰导致的逆转录突变率计算每个核苷酸的反应性，从而推导 RNA 结构模型。由于数据包含细胞内和体外两种条件，分析时可分别处理并比较。对于突变变体，需注意区分不同变体的序列背景。源站未提供具体的分析脚本或处理参数，使用者需根据自身研究目的选择适当的 DMS-MaPseq 分析工具。
【质量与限制】
源站未提供关于数据质量评分、测序深度、重复次数或覆盖度的具体指标。数据为原始序列读取，未经过结构反应性计算或注释。由于仅包含小鼠胰岛素受体 5UTR 及其突变变体，不涵盖其他物种或基因的 5UTR。实验在 HEK293T 细胞和体外进行，可能无法完全反映其他细胞类型或生理条件下的 RNA 结构。相关病毒 IRES 数据位于另一个 SRA 提交中，不在本数据集范围内。使用者应自行评估数据质量并注意实验条件的局限性。
【引用与许可】
源站未提供明确的引用格式或使用许可条款。数据集关联的研究成果已上传至 BioRXiv 并提交至 Nucleic Acids Research 接受同行评审，作者为 William B. Dahl、Tammy C.T. Lan、Silvia Rouskin 和 Michael T. Marr II，通讯作者为 Michael T. Marr II。使用者应参考相关预印本或正式发表论文以获取引用信息。许可信息源站未提供，建议直接访问 NCBI 站点查看该数据集的具体使用条款。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1180554
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
包含在HEK293T细胞及体外对目标5UTR进行DMS-MaPseq RNA结构探测的FASTQ文件。该数据集包含了对小鼠胰岛素受体5UTR的探测，以及通过定点突变生成的小鼠胰岛素受体5UTR变体的探测。这些数据支持了“结构指导的突变识别出对小鼠胰岛素受体5UTR IRES功能至关重要的保守区域”这一发现，该研究已上传至BioRXiv，并于2024年提交至《核酸研究》进行同行评审。作者：William B. Dahl, Tammy C.T. Lan, Silvia Rouskin, Michael T. Marr II。通讯作者：Michael T. Marr II (mmarr@brandeis.edu)。相关SRA提交包含本实验中探测的病毒IRES（丙型肝炎病毒(HCV) IRES和脑心肌炎病毒(EMCV) IRES）的DMS-MaPseq数据，提交编号为SUB14830418。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
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