与痤疮相关的人体皮肤宏基因组

数据集获取

源站：https://omicsdi.org/dataset/dbgap/phs001655

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

研究强调了疾病相关微生物在受扰动群落中的重要性，然而，共生菌的保护作用在很大程度上被低估且认识不足。以痤疮为模型疾病，我们研究了当疾病相关和健康相关微生物在群落中共存时，皮肤微生物群整体毒力特性的决定因素。通过超深度宏基因组鸟枪法测序，我们揭示了健康皮肤中丙酸杆菌和痤疮丙酸杆菌噬菌体的相对丰度较高。在痤疮患者中，物种水平和痤疮丙酸杆菌菌株水平的微生物组组成比健康个体更多样，毒力相关因子富集，代谢合成基因丰度降低。基于宏基因组元素的丰度谱，我们构建了一个定量预测模型，该模型在我们的研究队列（85%）和独立样本集（86%）中均能以高准确率对宿主皮肤的临床状态进行分类。

我们的结果表明，决定皮肤微生物群整体致病特性的，是宏基因组元件之间的平衡，而非仅仅存在与疾病相关的菌株。本研究为痤疮发病的微生物机制提供了新见解，并提出益生菌和噬菌体疗法作为潜在的痤疮治疗方法，以调节皮肤微生物群并维持皮肤健康。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。