粪菌移植后肠道微生物群变化

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源站：https://clinicaltrials.gov/study/NCT02557685

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数据说明

条件：艰难梭菌感染。目前尚不清楚FMT有效的确切机制。最近一项对14例接受FMT35治疗的复发性CDI患者的研究显示，FMT前肠道微生物多样性降低，FMT后肠道微生物变得更加多样，并与供体相似。该组在3个分类目上显示出显著变化，但没有单一微生物或物种普遍与成功相关。Weingarden等人表明，FMT恢复了复发性CDI患者的正常胆汁酸组成36，提示纠正胆汁酸代谢可能是FMT治愈并预防CDI复发的主要机制。更全面地理解FMT机制可能有助于开发基于合成微生物群的治疗方法，这将是传统FMT的安全有效替代方案。我们假设FMT后远端肠道微生物群的早期变化可能有助于识别与疗效相关的关键物种。此外，我们认为FMT后可能存在可测量的代谢和免疫效应，这些效应也可能有益。

本研究旨在记录粪菌移植（FMT）后远端肠道微生物群（包括粪便和黏膜相关）的早期变化。此外，全血和尿液样本将有助于开展免疫学和代谢组学的联合分析。这将是一项开放标签的粪菌移植临床试验，旨在预防至少已发生三次艰难梭菌感染（CDI）发作且既往接受过口服万古霉素治疗的患者再次复发。受试者将包括6名因3次（或以上）CDI发作后转诊的成人门诊患者。受试者最近一次急性感染已接受至少10天疗程的抗CDI治疗（甲硝唑、万古霉素或非达霉素），随后将在乙状结肠镜检查时接受供体粪便的粪菌移植。操作后，将对受试者进行8周的随访，以观察艰难梭菌是否复发。在此期间复发的受试者将被提供再次

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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