年轻与老年比格犬免疫与代谢衰老的多组学图谱 II

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE342969

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

要全面理解犬类衰老，需要在分子层面整合免疫、代谢和遗传变化。尽管高通量组学已广泛应用于人类衰老研究，但犬类研究通常采用单一模态或小规模队列，限制了系统层面的认识，尤其是在免疫和代谢衰老方面。为弥补这一空白，我们在一个由老年和年轻比格犬组成的队列中构建了多组学免疫与代谢衰老参考。我们对50只犬（25只老年、25只年轻）进行了非靶向血清代谢组学分析。此外，我们收集了临床生物标志物，并对39只犬（19只老年、20只年轻）的一个子集，利用bulk RNA测序（bulk RNAseq）测量了外周血单核细胞（PBMCs）的基因表达。我们还对30只犬（15只老年、15只年轻）的一个子集采用了单细胞RNA测序（scRNAseq），获得了约318,000个PBMC转录组；这构成了迄今为止最大的犬类单细胞数据集，并解析出27个不同的免疫群体。年龄相关的变化以初始淋巴细胞丢失、特定髓系和Th1样效应亚群扩增为特征。

这一点通过转录组和代谢组的重塑得到了进一步强化，包括适应性免疫细胞中细胞周期、DNA修复和线粒体通路的协同抑制，先天免疫细胞中炎症信号的富集，以及血清中醚连接脂质和其他膜相关脂质的耗竭。为展示该参考资源的实用性，我们利用外部资源优先筛选了一组候选基因，包括PLA2G4A和IRF4，这些基因可能在犬类免疫和代谢衰老中发挥作用。这些发现刻画了犬类血液衰老的免疫代谢图谱，为识别促进健康衰老和长寿的干预措施提供了蓝图。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。