乳酸驱动的蛋白质乳酸化调控恶性疟原虫毒力

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE304394

标准获取流程：

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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
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     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

由高乳酸血症驱动的乳酸性酸中毒是重症恶性疟原虫疟疾的标志性特征，但其对寄生虫生命周期和基因表达的影响仍不清楚。在哺乳动物细胞中，乳酸通过组蛋白乳酸化——一种新型翻译后修饰——影响转录。在本研究中，我们证明恶性疟原虫的核蛋白，包括组蛋白、组蛋白变体和AP2转录因子，会发生乳酸来源的赖氨酸乳酸化，且乳酸化水平随生理乳酸浓度范围动态变化。通过CUT&RUN图谱分析，我们发现升高的乳酸增强了乳酸化蛋白在毒力和细胞黏附相关基因启动子区域的染色质占据。相应地，转录组分析表明，升高的乳酸抑制了这些基因的表达，这一模式在重症疟疾患者的临床分离株中同样明显。在功能上，我们证明高乳酸降低了感染红细胞与CD36受体的结合能力。总之，我们的研究揭示了蛋白质乳酸化是恶性疟原虫中一种代谢物响应性表观遗传机制。

恶性疟原虫，将宿主代谢状态与转录重编程联系起来，直接影响寄生虫毒力和疾病发病机制。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。