衰老多细胞生物的完整细胞图谱

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE208154

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

在此，我们描述了线虫秀丽隐杆线虫几乎所有细胞类型的衰老单细胞图谱。我们的发现表明，秀丽隐杆线虫的衰老在本质上并非随机，而是以功能相关的代谢和应激反应基因在高度细胞类型特异性方式下的协调变化为特征。不同细胞类型的衰老特征彼此之间大体不同，能量代谢的下调是唯一几乎普遍的变化。同样，细胞衰老的速率，以全基因组表达变化衡量，在不同细胞类型间存在显著差异。在某些但非全部细胞类型中，衰老的特征是细胞间变异的增加。最后，我们鉴定了一个长寿转录因子（TFs）的特征，其活性随年龄在许多细胞类型中协调变化。在这些转录因子中，我们发现了新的候选者，如GEI-3，可能也调控衰老速率。我们的数据集可在c.elegans.aging.atlas.research.calicolabs.com/访问和查询。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。