糖尿病药物反应多组学研究(DIAMOND)

BioProject 是与单一研究计划相关的一组生物数据,源自单一组织或联盟。BioProject 记录为用户提供一个统一位置,以查找为该计划生成的各种数据类型所对应的链接

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基因组糖尿病多组学药物反应内分泌BioProjectNCBI
PRJNA996301: Diabetes Multi-omic Investigation of Drug Response (DIAMOND)

基本信息

模态
基因组
创建/更新时间
2026-10-20

资源简介

糖尿病药物反应多组学研究(DIAMOND)

PRJNA996301,全称为 Diabetes Multi-omic Investigation of Drug Response(简称 DIAMOND),是收录于 NCBI BioProject 数据库中的一项生物研究计划记录,编号为 996301。该数据集在分类上归属于内分泌、营养和代谢疾病领域下的糖尿病方向,来源站点为 ncbi.nlm.nih.gov。作为一个 BioProject 记录,它的核心作用是为与这一研究计划相关的各类生物数据提供一个统一的检索入口,使用户能够通过单一位置找到该计划所产生的多种数据类型所对应的链接。BioProject 本身是与单一研究计划相关的一组生物数据的集合,通常源自单一组织或联盟。DIAMOND 这一名称表明该计划围绕糖尿病展开,并涉及药物反应的多组学研究方向,但其具体样本、组学层次与实验设计等细节,需以源站记录所链接的实际数据为准。

【数据集背景】

该数据集对应的是一项名为 Diabetes Multi-omic Investigation of Drug Response(DIAMOND)的研究计划,收录于 NCBI 的 BioProject 数据库,记录编号为 996301。从分类角度看,它被归入内分泌、营养和代谢疾病下的糖尿病方向。BioProject 这一记录形式的设立目的,是为源自单一组织或联盟的、与某一研究计划相关的生物数据提供集中入口。因此,DIAMOND 记录本身并不等同于某一批具体的测序或组学数据,而是作为该研究计划的索引与聚合节点存在,帮助使用者在同一处定位该计划所生成的各类数据资源。

【数据内容】

源站未提供该计划下具体包含哪些数据类型、样本数量、组学层次或分析结果的说明。可以确认的是,作为 BioProject 记录,其内容指向的是与该研究计划相关的多种生物数据类型,并通过链接的方式对外提供访问路径。至于这些数据具体涵盖基因组、转录组、代谢组或其他类型,源站未提供。

【采集与来源】

该记录来源于 ncbi.nlm.nih.gov,即 NCBI 的 BioProject 数据库。BioProject 记录通常源自单一组织或联盟,用于汇集与某一研究计划相关的生物数据。DIAMOND 计划的具体发起机构、参与单位、样本采集地点与时间等信息,源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于需要定位与糖尿病药物反应多组学研究相关生物数据的使用者。借助 BioProject 记录所提供的统一入口,用户可以查找为该研究计划生成的各种数据类型所对应的链接,进而访问底层数据。对于希望了解该计划涉及哪些数据资源、或需要按研究计划维度检索相关数据的研究人员,此类记录具有索引与导航价值。至于该数据是否适用于特定分析流程或临床用途,源站未提供相关说明。

【使用方法】

使用者可通过 NCBI BioProject 数据库,以记录编号 996301 或名称 DIAMOND 进行检索,进入该计划的记录页面,再经由页面提供的链接跳转至该计划所生成的各种数据类型。BioProject 记录的设计目的正是为用户提供一个统一位置,以查找为该计划生成的各种数据类型所对应的链接。具体的下载方式、数据格式与访问权限,源站未提供。

【质量与限制】

源站未提供关于该数据集质量控制、数据完整性或使用限制的具体说明。需要注意的是,BioProject 记录本身是研究计划的索引性条目,其描述侧重于汇集与指向相关数据,而非对数据质量作出评价。使用者若需评估数据适用性,应进一步查看其所链接的具体数据资源。

【引用与许可】

源站未提供该数据集的引用格式与许可条款信息。使用者在引用或再利用相关数据时,应以源站记录及其所链接数据资源页面所载明的引用要求与许可条件为准。

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使用方式

数据集获取

源站:https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA996301

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

糖尿病药物反应多组学研究(DIAMOND)队列是一个基于人群的2型糖尿病(T2D)患者队列,这些患者通过服务于密歇根州东南部和底特律大都会区的大型卫生系统接受医疗照护。该队列体现了其来源人群的多样性。由于其健康计划会员身份,参与者拥有与其医疗照护相关的丰富纵向临床健康信息数据集。DIAMOND研究的目的是利用基因组分析、药物暴露信息以及电子健康记录(EHR)衍生的结局数据,识别治疗反应的遗传预测因子。全基因组基因分型使用AxiomTM精准医学研究阵列(ThermoFisher Scientific Inc.)进行。

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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