糖尿病微环境下BMSCs经IPA处理的RNA测序数据集
该数据集来自NCBI，包含小鼠骨髓间充质干细胞（BMSCs）在高糖高脂（HGHF）模拟糖尿病微环境下，经或不经吲哚-3-丙酸（IPA）处理的转录组测序数据
基本信息
资源简介
糖尿病微环境下BMSCs经IPA处理的RNA测序数据集
该数据集为来自 NCBI 的转录组测序项目，英文名称为“PRJNA1489535: RNA seq of BMSCs exposed to diabetic microenvironment with or without indole 3 propionic acid identifies differentially expressed genes in osteogenic differentiation and oxidative stress”。其核心内容围绕小鼠骨髓间充质干细胞（BMSCs）在模拟糖尿病微环境下的基因表达变化展开，重点考察吲哚-3-丙酸（IPA）对成骨功能障碍的调控作用。研究采用高糖高脂（HGHF）条件模拟糖尿病微环境，并设置 IPA 处理与未处理两组，通过高通量测序获取转录组图谱，以识别与成骨分化、氧化应激及铁死亡相关的差异表达基因和信号通路。该数据集属于内分泌、营养和代谢疾病 / 糖尿病分类，主题标签为原始测序读段（Raw sequence reads），可为糖尿病相关骨代谢研究提供转录层面的数据支持。
【数据集背景】
糖尿病状态下，骨髓间充质干细胞的功能障碍与骨代谢异常密切相关。高糖高脂环境作为糖尿病微环境的典型特征，可能影响 BMSCs 的成骨分化能力，并伴随氧化应激等病理过程。吲哚-3-丙酸（IPA）是一种被研究关注的代谢物，本研究旨在通过 RNA 测序探讨 IPA 在糖尿病条件下调控成骨功能障碍的分子机制。该数据集即在这一研究框架下产生，用于从转录组水平揭示相关差异表达基因与信号通路。
【数据内容】
该数据集包含小鼠 BMSCs 在高糖高脂（HGHF）条件下培养、经或不经 IPA 处理的转录组测序数据。具体而言，样本分为 HGHF 条件加 IPA 处理组与 HGHF 条件不加 IPA 处理组，提取总 RNA 后进行高通量测序。数据主题标签为原始测序读段，表明其提供的是测序原始读段层面的信息。该数据集的目标是识别与成骨分化、氧化应激和铁死亡相关的差异表达基因及信号通路，从而为理解 IPA 在糖尿病微环境中的调控作用提供转录组证据。
【采集与来源】
数据来源于 NCBI（ncbi.nlm.nih.gov）。测序平台为 Illumina NovaSeq 6000。实验对象为小鼠骨髓间充质干细胞（BMSCs），培养条件为高糖高脂（HGHF）以模拟糖尿病微环境，并设置 IPA 处理与未处理对照。总 RNA 提取后开展高通量测序。源站描述中未提供样本采集的具体时间、地点、伦理审批信息及样本数量等细节。
【适用场景】
该数据集适用于糖尿病相关骨代谢研究，尤其是关注骨髓间充质干细胞成骨分化障碍、氧化应激及铁死亡机制的研究场景。可用于分析 IPA 处理前后转录组差异，筛选差异表达基因和信号通路，进而探索 IPA 在糖尿病微环境中对 BMSCs 功能的调控作用。也可作为糖尿病骨病、代谢性骨病及干细胞转录组研究的数据资源，支持假设生成与机制探索。
【使用方法】
该数据集以原始测序读段形式提供，使用者可根据研究目的进行质量控制、比对、定量及差异表达分析等标准转录组分析流程。由于涉及 HGHF 条件与 IPA 处理两组比较，可围绕成骨分化、氧化应激和铁死亡相关基因集或通路开展富集分析。具体分析工具、参数及流程需依据使用者自身研究设计确定。源站未提供详细的使用指南或推荐分析流程。
【质量与限制】
该数据集基于 Illumina NovaSeq 6000 平台产生，属于高通量测序数据。其样本仅涉及小鼠 BMSCs 在 HGHF 条件下经或不经 IPA 处理的转录组，研究结论的外推需谨慎。源站未提供测序深度、重复数、质控指标、批次信息及验证实验等细节，因此无法对数据质量进行进一步评估。此外，该数据集为原始测序读段，未提供预处理后的表达矩阵或注释文件，使用前需自行完成数据处理。
【引用与许可】
源站未提供具体的引用格式、许可协议或使用条款。使用者应遵循 NCBI 及相关数据库的通用数据使用规范，并在发表成果时正确引用该数据集及其关联研究。如需获取许可信息，建议直接查阅 NCBI 项目页面或联系数据提交者。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1489535
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
为探究吲哚-3-丙酸（IPA）在糖尿病条件下调控成骨功能障碍的分子机制，进行了RNA测序。小鼠骨髓间充质干细胞（BMSCs）在高糖/高脂肪酸（HGHF）条件下培养以模拟糖尿病微环境，并分别给予或不给予IPA处理。提取总RNA，并使用Illumina NovaSeq 6000平台进行高通量测序。该数据集包含在HGHF条件下培养、存在或不存在IPA时的BMSCs转录组图谱，旨在鉴定与成骨分化、氧化应激和铁死亡相关的差异表达基因及信号通路。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
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