燕麦麸改善大鼠糖脂代谢紊乱:宿主代谢组与肠道宏基因组

该数据集来自 NCBI BioProject(ID 1466626),主题为燕麦麸改善大鼠糖脂代谢紊乱,结合宿主代谢组与肠道宏基因组开展研究

sra
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基因组分类Raw sequence reads
PRJNA1466626: Amelioration of glucolipid metabolism disorders in rats by oat bran: insights from host metabolomics and the gut metagenome

基本信息

模态
基因组
任务类型
分类
创建/更新时间
2026-10-20

资源简介

燕麦麸改善大鼠糖脂代谢紊乱:宿主代谢组与肠道宏基因组

PRJNA1466626 是一个收录于 NCBI BioProject 数据库的研究项目,其英文名称为“Amelioration of glucolipid metabolism disorders in rats by oat bran: insights from host metabolomics and the gut metagenome”。该项目围绕燕麦麸对大鼠糖脂代谢紊乱的改善作用展开,结合宿主代谢组与肠道宏基因组两个层面进行探索。从本站分类来看,该数据集归属于内分泌、营养和代谢疾病领域下的糖尿病方向,主题标签为原始序列读长(Raw sequence reads)。整体而言,该数据集为研究燕麦麸干预与糖脂代谢调节之间的关系提供了来自 NCBI BioProject 的原始测序数据入口,适合关注营养干预、代谢紊乱及肠道微生物组的研究人员参考使用。

【数据集背景】

该数据集来源于 NCBI BioProject,源站标题为“ID 1466626 - BioProject - NCBI”。BioProject 是 NCBI 提供的一种项目记录形式,用于汇集与某一项单一研究计划相关的多种生物数据,这些数据可能来自单一机构或联合体。BioProject 记录为用户提供一个统一的入口,以便查找该项目所产生的不同类型的数据。本数据集所对应的研究计划聚焦于燕麦麸对大鼠糖脂代谢紊乱的改善作用,并从宿主代谢组和肠道宏基因组两个角度获取研究线索。本站将其归入内分泌、营养和代谢疾病分类下的糖尿病方向,说明该研究与糖脂代谢调节及代谢性疾病背景相关。

【数据内容】

该数据集的主题标签为“Raw sequence reads”,表明其数据内容涉及原始序列读长。结合项目英文名称可知,研究结合了宿主代谢组与肠道宏基因组,因此原始序列读长很可能与肠道宏基因组测序相关。除上述信息外,关于具体样本数量、测序平台、读长长度、数据量、文件格式等细节,源站未提供。

【采集与来源】

该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov,源站标题显示其 BioProject ID 为 1466626。项目记录本身来自 NCBI BioProject 数据库,该数据库汇集与单一研究计划相关的生物数据。关于样本采集的具体地点、时间、大鼠品系、饲养条件、干预剂量与周期等实验细节,源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于与糖脂代谢紊乱、糖尿病相关研究领域,尤其是关注燕麦麸等营养干预手段对宿主代谢及肠道微生物组影响的场景。研究人员可利用其原始序列读长数据开展肠道宏基因组分析,并结合宿主代谢组研究思路,探索营养干预与糖脂代谢调节之间的潜在关联。此外,该数据集也可作为 NCBI BioProject 中相关项目的数据检索入口,用于查找同一研究计划下的多种数据类型。关于更具体的适用分析流程或研究设计,源站未提供。

【使用方法】

该数据集可通过 NCBI BioProject 数据库访问,项目标识为 ID 1466626。用户可在 BioProject 记录中查找该项目所产生的不同类型数据的链接。由于主题标签为原始序列读长,使用者可能需要依据 NCBI 相关数据库的常规流程获取并处理测序数据。关于具体的下载方式、数据处理步骤、分析工具或参数设置,源站未提供。

【质量与限制】

该数据集来自 NCBI BioProject,属于项目级别的数据记录。其质量与限制的具体信息,如测序深度、数据完整性、样本代表性、潜在偏差等,源站未提供。使用者应注意,BioProject 记录本身是项目相关数据的汇集入口,具体数据质量需结合其关联的原始数据记录进行评估。关于该数据集的明确限制说明,源站未提供。

【引用与许可】

关于该数据集的引用方式与许可信息,源站未提供。

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使用方式

数据集获取

源站:https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1466626

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

糖脂代谢紊乱,包括肥胖和2型糖尿病,对公共健康构成重大威胁。富含膳食纤维的燕麦麸在缓解这些代谢综合征方面显示出巨大潜力;然而,由肠道微生物群和宿主共代谢介导的精确机制仍不清楚。在本项目中,我们建立了糖脂代谢紊乱大鼠模型,以评估燕麦麸的干预效果。通过整合肠道微生物组的宏基因组测序和代谢组学分析,本研究旨在揭示燕麦麸补充后肠道微生物群落的具体结构变化以及功能代谢物的改变。该数据集提供了关于肠道-代谢轴的综合多组学视角,为开发基于燕麦麸的功能性食品用于代谢健康管理提供了理论基础。

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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