PRJEB35787：解析类鼻疽感染的遗传基础 I

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJEB35787

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

类鼻疽是一种由土壤细菌类鼻疽伯克霍尔德菌（Burkholderia pseudomallei，Bp）引起的快速进展且常致命的疾病。生活在泰国东北部等疾病热点地区的健康个体，从幼年时期起就会产生暴露的血清学证据。然而，并非所有暴露都会导致疾病，感染的结果也可能各不相同，这表明可能存在影响疾病获得和严重程度的细菌、宿主或环境因素。我们项目的第一部分（剖析类鼻疽感染的遗传基础 I）旨在识别决定疾病严重程度的Bp遗传因素。由于糖尿病是类鼻疽的主要易感风险因素，我们还将检验细菌因素是否受宿主糖尿病状态的调节。这个新测序的950株Bp菌株集合将与现有数据结合，形成一个超过2,000株Bp菌株的合并数据集。更好地理解细菌因素及其与宿主糖尿病状态的相互作用，可能提高我们管理这种疾病的能力。这些数据是预发布版本的一部分。

有关Wellcome Trust Sanger Institute共享的预发布数据的正确使用信息（包括任何出版禁令的详情），请参见http://www.sanger.ac.uk/datasharing/

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。