人类肠道微生物群全局代谢互作网络数据集

数据集获取

源站：https://doi.org/10.5061/dryad.mc1j9

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据集大小约 383.1 KB。

数据说明

一个关于复杂微生物间及宿主-微生物化学交互的系统级框架，将有助于阐明肠道微生物群在健康与疾病中的作用。在此，我们报告了一个经文献整理的肠道微生物种间网络，命名为NJS16。这是一个广泛的数据资源，包含约570种微生物物种和3种人类细胞类型，通过超过4，400次小分子运输和大分子降解事件进行代谢互动。基于我们网络的内容，我们开发了一种数学方法，以阐明特定人群（如疾病队列）肠道微生物群落的代表性微生物和代谢特征。将此策略应用于2型糖尿病患者的微生物组数据，揭示了肠道微生物生态系统的情境特异性基础设施、具有重大代谢影响的核心微生物实体，以及可能指示相关群落代谢过程的频繁产生的代谢化合物。我们的网络为人类肠道内群落规模微生物活动的综合研究奠定了基础。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。