猪流行性腹泻病毒感染促进Peyer's patch免疫诱导与上皮防御的单细胞转录重编程数据

数据集获取

源站：https://doi.org/10.15482/usda.adc/28986395

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

本在线资源提供了用于分析Wiarda等人所著《猪流行性腹泻病毒感染通过单细胞转录重编程促进派尔集合淋巴结免疫诱导和上皮防御》研究中数据的补充材料。四周龄猪只接种了2毫升浓度为10^5 TCID50/mL的猪流行性腹泻病毒（PEDV）非S-INDEL分离株USA/NC49469/2013（n=5）或模拟接种物（n=3）。接种后5天，从最近端空肠派尔集合淋巴结部位采集组织，分离细胞，并将样本送检进行单细胞RNA测序（scRNA-seq）。分析scRNA-seq数据后，获得了来自八个动物样本的40,522个总细胞数据集。细胞进一步注释为43个簇、29种细胞类型和五个细胞谱系。五头PEDV猪中有四头在用于scRNA-seq的空肠组织中成功感染了PEDV，并用于与三头模拟接种动物的比较。此处包含了总细胞和上皮细胞数据集的计算数据对象（.h5seurat对象），以及用于轨迹分析和细胞相互作用分析的数据对象（保存为.rds文件）。

还可获取可用于非计算型交互式数据集查询的文件（.cloupe 文件，兼容 Loupe Browser 软件 [10X Genomics]），这些文件可使用免费可访问的软件进行操作。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。