糖尿病动物视网膜炎症、氧化还原与缺氧损伤程序的可复现转录组荟萃分析代码与数据

数据集获取

源站：https://doi.org/10.5281/zenodo.21194756

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
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3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

伴随手稿《糖尿病动物视网膜中可重复的炎症、氧化还原与缺氧损伤程序，且与人类黄斑部分一致：一项方向感知的转录组荟萃分析》（审稿中）的代码与衍生数据。本归档包含复现该研究所需的分析代码、冻结的衍生结果表、数据集整理清单以及软件包版本清单。不重新分发任何原始测序或平台原生文件；每个原始数据集均为公开数据，并从其原始存储库（NCBI GEO 和 ArrayExpress/BioStudies；检索于2026年6月20日进行）获取。该研究包含两个证据权重刻意不同的层次。主要（发现）层：对动物（小鼠和大鼠）视网膜转录组进行的方向感知、登录号审慎的随机效应荟萃分析——来自11个登录号的16个比较单元、16,538个基因、逐基因REML合成（metafor）、Hedges’ g标准化以及留一登录号稳定性分析，产生333个方向稳定的核心基因（在糖尿病/DR模型视网膜中144个升高、189个降低）。

次要分析（有界一致性）：一项供体感知检验，用于判断动物信号在一个人类黄斑数据集中（GSE160306；36名供体，26例病例，10例对照；方向一致性60.1%）是否在方向和通路层面相对应。一个细胞类型定位层将核心映射到人类视网膜单细胞图谱（Menon等，2019）。动物稳定核心是一项动物内可重复性声明。它并非确定性的人类糖尿病视网膜病变基因核心，本文任何内容均不主张因果关系、时间顺序、细胞来源或治疗有效性。详见README.md。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。