胃癌细胞对全反式维甲酸敏感性的基因表达预测模型数据集（细胞系）
基于胃癌细胞系基因表达数据，构建全反式维甲酸敏感性预测模型，用于筛选潜在获益患者。
基本信息
资源简介
胃癌细胞对全反式维甲酸敏感性的基因表达预测模型数据集（细胞系）
【一句话概览】
本数据集是 BioStudies 公开的组学数据集，主题涵盖 RNA-seq of coding RNA、Homo sapiens，可用于生物标志物发现与分子分型研究。
【数据集背景】
本数据集源站标题为《Sensitivity of gastric cancer cells to all-trans retinoic acid, a new agent in the personalized treatment of this heterogeneous tumor: definition of a predictive gene-expression model that may be used for the selection of patients who may benefit from retinoid-based treatments (Cell Lines)》。
【数据内容】
源站原始描述：All-trans retinoic acid (ATRA) is used in the treatment of Acute Promyelocytic Leukemia (APL) with exceptional results, inducing long-lasting remissions in 78% of the patients. In previous studies (Bolis M et al., Ann Oncol. 2017, 28:611; Centritto F et al., EMBO Mol Med. 2015, 7:950) we demonstrated the therapeutic potential of ATRA in the personalized treatment of breast cancer. The present study is aimed at providing pre-clinical evidence supporting the use of pharmacological strategies based…
【主题与分类】
主题标签：RNA-seq of coding RNA、Homo sapiens。
【适用方向】
组学数据适用于生物标志物发现与分子分型相关建模研究。
【获取与许可】
源站页面：https://www.ebi.ac.uk/biostudies/ArrayExpress/studies/E-MTAB-12387
下载信息
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使用方式
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源站：https://www.ebi.ac.uk/biostudies/ArrayExpress/studies/E-MTAB-12387
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- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据加载示例（表格/文本类）
import pandas as pd, glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.csv"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tsv"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.xlsx"), recursive=True))
print("数据文件:", files)
df = pd.read_csv(files[0])
print(df.shape); print(df.columns.tolist()); print(df.head(3))
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