单细胞转录组学揭示肝纤维化过程中间充质的功能分区-Seurat对象

数据集获取

源站：https://datashare.ed.ac.uk/handle/10283/3573

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

我们刻画了约30,000个小鼠单细胞的转录组，以高分辨率解卷积健康和纤维化肝脏中的肝间充质。我们揭示了肝星状细胞在整个肝小叶中的空间分区，将其命名为门静脉相关HSC和中央静脉相关HSC，并在小叶中央纤维化小鼠模型中发现了相应的功能分区。我们的工作展示了单细胞转录组学能够高精度解析驱动肝纤维化的关键胶原生成细胞的强大能力。我们以Seurat R对象的形式提供这些数据内容。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。