单细胞水平解析人肝硬化纤维化微环境-Seurat RData对象
该研究对健康与肝硬化人肝非实质细胞类型进行单细胞转录组分析，发现一种新的瘢痕相关TREM2+CD9+巨噬细胞亚群，其在肝纤维化中扩增，由循环单核细胞分化而来，并在小鼠肝纤维化中存在对应群体，具促纤维化作用
基本信息
资源简介
单细胞水平解析人肝硬化纤维化微环境-Seurat RData对象
该研究对健康与肝硬化人肝非实质细胞类型进行单细胞转录组分析，发现一种新的瘢痕相关TREM2+CD9+巨噬细胞亚群，其在肝纤维化中扩增，由循环单核细胞分化而来，并在小鼠肝纤维化中存在对应群体，具促纤维化作用。研究还定义了新的ACKR1+和PLVAP+内皮细胞，其在肝硬化中扩增，呈瘢痕限制性分布，并增强白细胞跨内皮迁移（来源 datashare.ed.ac.uk）。
【数据内容】
源站描述（机器翻译，仅供参考）：我们分析了健康人肝脏和肝硬化人肝脏中非实质细胞类型的转录组。特别地，我们发现了一种新的瘢痕相关 TREM2+CD9+ 巨噬细胞亚群，该亚群在肝纤维化中扩增，由循环单核细胞分化而来，在小鼠肝纤维化中具有对应细胞群，并具有促纤维化作用。我们还鉴定出新的 ACKR1+ 和 PLVAP+ 内皮细胞，这些细胞在肝硬化中扩增，在空间上局限于瘢痕，并可增强白细胞迁移。
【主题与分类】
主题标签：Single cell transcriptomics、Liver fibrosis。本站分类：消化系统疾病。
【获取与许可】
源站页面：https://datashare.ed.ac.uk/handle/10283/3433
下载信息
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数据集获取
源站：https://datashare.ed.ac.uk/handle/10283/3433
标准获取流程：
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- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
我们分析了健康人肝脏和肝硬化人肝脏中非实质细胞类型的转录组。特别地，我们发现了一种新的瘢痕相关 TREM2+CD9+ 巨噬细胞亚群，该亚群在肝纤维化中扩增，由循环单核细胞分化而来，在小鼠肝纤维化中具有对应细胞群，并具有促纤维化作用。我们还鉴定出新的 ACKR1+ 和 PLVAP+ 内皮细胞，这些细胞在肝硬化中扩增，在空间上局限于瘢痕，并可增强白细胞迁移。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
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